足利義昭於1573（元龜4年）被織田信長驅逐後，史學界一般認為這是室町幕府的終結，但其實一直義昭保持著徵夷大將軍的身份直到天正16年也就是公元1588年。而這個時候織田信長已經死了好幾年了。

義昭戰敗以後，在紀伊半島的本願寺，三好家等地略加逗留，便西入中國毛利，向輝元請求庇護。

輝元因為和信長是同盟關係，恐懼收留義昭會招致信長的侵略，於是和信長斡旋。信長聽說義昭在中國，欲與之和解，以穩固近幾。於是派遣羽柴秀吉和朝山日乘談判，毛利則派遣安國寺惠瓊。會談成功，將迎義昭歸京。義昭怕信長加害，要求信長交出人質。信長自然很生氣地拒絕了。秀吉向義昭下最後通牒，義昭拒不服從。毛利驅逐義昭，義昭流浪紀州。

義昭調停了本願寺與三好的戰爭，命其共抗信長，對於石山戰爭是有一定貢獻的。

義昭又寄居畠山家。畠山家的重臣湯川直春結交他。

義昭企圖消弭上杉謙信，北條氏政，武田勝賴的戰爭，以共抗信長。

天正四年，義昭又返回毛利勢力範圍，在鞆成立幕府，請求毛利輝元庇護。輝元怕信長得到戰爭藉口，本來不想庇護，但是信長已經開始部署對中國攻勢，毛利織田同盟事實上破裂。秀吉對中國地方用兵以後，毛利輝元就公開承認了鞆幕府，尊義昭為將軍。義昭大喜過望，封輝元為副將軍。

為了包圍信長，義昭調停了上杉謙信和加賀一向一揆的戰爭，又確保勝賴和氏政配合。義昭又鼓動輝元東進洛京，輝元便消滅尼子家，義昭很高興。

上杉謙信死後，反信長諸侯垂頭喪氣。義昭邀請勝賴攻擊家康，牽制信長。勝賴沒有出兵，但與輝元結為同盟。

信長感到和義昭已經水火不容，就劫掠了義昭曾經的御所。信長為了反對毛利，聯絡大友。於是，為了反對大友，義昭聯絡島津。

信長又討破包圍網。

本能寺信長死亡。義昭歡喜。

秀吉和勝家作戰。秀吉曾經和輝元作戰，義昭懷恨在心，於是支持勝家。

義昭發御教書鼓動秀吉包圍網，但知名度不如信長包圍網。

勝家被秀吉消滅，秀吉占領鞆。秀吉約見義昭，非但沒有追究過往，反而和顏悅色，和義昭相談甚歡。

秀吉認為，義昭對平定島津有功。具體義昭做了啥，已無記載。

義昭投降秀吉。

秀吉一統天下，義昭感悟到室町幕府復興無望，出家為僧，度過餘生。

【小道訊息】因為義昭戰敗以後每天高強度發推特，瘋狂給各路諸侯寫信，一種說法認為，光秀的謀反是因為和義昭通訊，受了義昭的魅惑。

【謠言】江戶時代一種說法認為，秀吉想當義昭養子，義昭不收，導致秀吉得不到源氏，當不上將軍，不得不當關白。這種說法無任何依據，純屬謠言。按照當時的局勢，義昭沒有任何在秀吉面前端架子的立場。

學術研究證明：義昭-信長政權的本質，其實與此前的將軍-管領模式並沒有本質區別。只不過信長對幕府役職或公家官位興趣不大，沒有就任副將軍或管理，最後又辭去了右大臣而且“三職推任”，但是保留了正二位的位階，因為信長沒有就任管領，家康也婉辭了對應的幕府役職。並且信長相當於之前的“半將軍”那位管領更強勢而且基本打造好了織田公儀，所以才會給我們信長是日本曹操的錯覺！

織田信長其實是尊皇派，而且儘管強勢但是對室町幕府末代將軍足利義昭還是比較友好的。

只不過，日本幕府時代才是最純粹的俄羅斯套娃：將軍架空天皇，無管領之名卻執掌管領之實的織田信長又架空了將軍。最後“將軍大人何故謀反？”義昭不甘心當傀儡，作死，被放逐後，又入空門，才做了足利幕府的末代徵夷大將軍！