朱元璋殺功臣，主要借的是胡、藍案。胡惟庸是洪武十三年正月時被一個叫塗節的中丞上告謀反而被抓進大牢的，隨後，胡供出陳寧，又惡意反誣，將告他的塗節也牽連了進去。按說，案子辦完也就完了，可時隔十年之後，這個案就成了朱元璋殺功臣的由頭，當時，如李善長（時年已77歲，全家遭誅戮）、費聚、唐勝宗、鄭遇春、葉昇等功臣，都一一被除掉，甚至連功臣鄧愈之子鄧鎮、宋濂之孫宋慎都未能倖免。同時，那些已經死了的楊璟、薛顯、朱亮祖等多功臣，也因坐罪而被剝奪了爵銜。這是發生在洪武二十三年的事，而隨後發生的藍玉案，就牽連的更多。藍玉是功勞卓著的名將，因性格粗暴，居功傲慢，在洪武二十六年被一個姓蔣的錦衣衛姓蔣告發。藍玉入獄後，一下子就有很多功臣被列進了“同黨”的名單，像傅友德、曹鎮、朱壽、張翼等數十人最終都難逃一死，而坐罪死掉的，就更多了。據《昭示奸黨錄》和《逆臣錄》記載，光胡惟庸一案遭族誅的，有三萬餘人，而坐藍玉案被族誅的，也有一萬五千多人，可見朱元璋之殘狠，獨步古今。

當然，除兩次大獄殺掉的功臣，還有個別有功之臣是因其他事被朱元璋幹掉的。所謂“其他事”幾乎都是可大可小的事，如立的功很大、官也很高的廖永忠，就因為僭用了不該用的東西，結果被賜死；而功臣裡年紀比較大的周德興，則是因為兒子犯了事，也被一併賜死；還有像王弼，都已經告老還鄉，安享晚年了，也莫名的又被召入賜死；此外像茹太素，李仕魯等文臣，只因為言語性格的原因觸怒了明太祖，便遭到了殘忍殺害。據記載，當時京官每天早上上朝前，都會與妻子有一番生離死別，等到晚上下班回來見安全無事，全家人就會慶賀又活過了一日。可見當時做官者的心態，真是戰戰兢兢、如履薄冰了。隨著功臣被殺得越來越少，到洪武后期，還能活在世上的，也就只剩下湯和了。

按說，朱元璋這麼搞，不引起大亂也會引起小的反抗，可事實是，社會卻始終穩定平靜，並未出現反叛和作亂，這是為什麼？探究其中原由，不外乎是朱元璋兵權抓得牢，特務眼線眾多，即便功臣及屬下有反抗之想，也不會輕舉妄動之故。當然，還有一個更為重要的原因是，在明洪武初年實施的嚴刑峻法，到了洪武中後期，都慢慢變得寬鬆了。如洪武二十年，也就是胡案發酵的前三年，朱元璋焚掉了錦衣衛的刑具，不允許他們再私設刑堂；而在洪武二十八年，又下詔廢除酷刑，稱：“朕起兵懲創奸頑，或法外用刑，本非常典；後止循律典，不許用黥、刺、剕、劓、閹割之刑，臣下敢以請者，寘重典”。詔中包括黥刑在內的五種刑罰，均是史上著名的酷刑，如黥是在犯人臉上刺字，剕是斷足，而刺刑則是削尖木樁立於土中，讓受刑者坐在尖端上面，從而將長棒從受刑者肛門插入、從嘴或胸部穿出，更為殘忍；可見，法律的變革，酷刑的廢除，在某種程度上傳遞出施行仁政的訊息，同時也會有力的收攬民心，民心安定了，殺功臣所引發的負面效應也就能得到巨大的消解。