根據明史記載，是張居正聯手馮保扳倒了高拱，而張居正取而代之，接任了高拱的首輔之位。這段歷史的大體過程是這樣的：

在明朝的太監機關中，有一個負責掌管公章，協助皇帝批改奏章，加蓋大印的司禮監。這個部門權利最大，而這個部門最重的崗位是掌印太監，凡是下達皇帝的旨意，都要經過他。嘉靖年間馮保就是司禮監的一員，隆慶皇帝登基後，他升為東廠提督太監兼御馬監管事太監，雖然這是職務也很了不得，但馮保仍不滿足，他的目標是想當掌印太監。

本來論資排輩輪到了他，但首輔高拱插一扛子，推薦上自己的人，壞了馮保的好事。高拱推薦自己的人是因為每次議事馮保都和高拱的意見相左，這樣一來二去兩人鬧得不甚愉快，為辦公方便，高拱就推自己的人上去。馮保對此十分不滿，嫌隙漸生。

隆慶皇帝病危時，當著皇后、太子朱翊鈞、太子生母李貴妃、張居正五人和馮保的面，將江山和兒子託孤給高拱，之後便撒手而去，高拱得知在內閣中哭喊說：“皇帝才十歲，這麼小可怎麼治天下”。當時馮保在場聽到了，這也為日後倒臺埋下了禍根。更讓高拱惱火的是，隆慶留下兩道遺旨，一是讓司禮監掌印太監與內閣大學士共同輔政；二是讓馮保接任司禮監掌印太監。

為此高拱與內閣張居正等人商議除去馮保，張居正把此事告訴了馮保，馮保就去到兩宮太后那哭訴，並說高拱搞這麼大的動作，面上是對我，實則對先帝遺旨不滿，意在扳倒小皇帝換隆慶的弟弟周王上位，馮保見兩宮太后將信將疑，就把高拱曾經在內閣說的話丟擲，但他篡改了高拱的本意，馮保說高拱曾經在內閣說：“小皇帝才十歲，怎麼能做天子”，並安排了不少人證實，兩宮太后和小萬曆一聽這還得了，並與大臣商量決定除掉高拱。

在萬曆登基的首次朝會上，高拱只待皇帝宣佈他的新政，把馮保趕出朝廷。可是恰恰相反，馮保宣讀了把高拱趕回老家，不得停留，永不敘用的聖旨，之後張居正榮升首輔，開始了十年的萬曆新政。所以《明史》記載是張居正和馮保聯合打敗了高拱。

歷史上究竟是不是這麼回事呢？據明末周聖凱的《張居正傳》記載，隆慶皇帝駕崩後，張居正就離開京城，去料理安葬隆慶弟弟的事，當回來之時，高拱早已被貶離京，不在位了。據張居正自己的文集《張太嶽集·奏疏卷二》記載，他回來就生了一場大病，請假一段時間才上的朝，這與周聖凱的記載相吻合，可以證明高拱被貶那天張居正不在京城，更不可能在朝堂之上。

這說明《明史》的記載有問題。出現這個問題，是因為清朝修史的王世貞對張居正很有意見，就在《嘉靖以來首輔傳》裡面重新捏造了這段歷史，有關專家學者在研究解讀這段歷史時，認為張居正是被冤枉的，沒有足夠證據證明張居正參加這場鬥爭，而且有的專家學者在上世紀四十年代就對這段歷史提出了異議。所以可以確定張居正真的是背了黑鍋。

至於高拱是怎麼失敗，從歷史可以看出，他失敗的主要原因在於他的心性高傲，蠻橫無理，氣度不大，脾氣暴躁，口無遮攔的性格造成的。