花剌子模被打的直接原因可謂是耳熟能詳，就是花剌子模國王摩訶末利令智昏，聽信了訛答剌城守將海爾汗的誣告，以為來訪的450人的蒙古商貿團是間諜，遂將他們全部殺死，並黑了蒙古商貿團的所有財物。

成吉思汗得知這個情況後十分惱怒，派出使者進行問責，並要摩訶末交出兇手，沒想到摩訶末自認為是大國君主，將正使殺死，將兩名副使剃光鬍鬚後驅逐，成吉思汗更加惱怒，決定率兵西討，攻打花剌子模，使團被殺事件無疑是成吉思汗攻打花剌子模的直接動因。所謂“其後太祖徵回回，為其殺使臣兀忽納等百人”。

但是，早在“蒙古商貿團被殺”事件之前，兩國就已經有爆發衝突的潛在因素了，兩個正在崛起的大國遲早會幹起來，其根本原因還是地區霸權之爭。

像花剌子模這樣的大國自崛起後陸續吞併了波斯、阿富汗等國及周邊區域，成為了中亞地區的強盛之邦，其疆域東接西遼，東北至錫爾河，東南臨印度海，北至鹹海和裡海，西至巴格達，南頻印度洋，是一個有兵40萬的大國。摩訶末一度兵臨巴格達城下，給黑衣大食造成了巨大的威脅，搞得黑衣大食急病亂投醫，找成吉思汗求救，只是當時成吉思汗忙著對金國用兵，也希望與花剌子模和睦，所以沒有理這茬。“報達被兵，哈里發思報復，環顧列邦，無可與謀者。聞蒙古盛強，乃遣使來，道以西伐。然太祖方修鄰好，無用兵意”。

而在這次交火以前，雙方的建交也有些不愉快。就在摩訶末結束對巴格達的征討回師後，就遇到蒙古來的使者遞交成吉思汗的國書，這份國書上首先表達了蒙古對和花剌子模建交的重視，以及互通有無，一起做生意的願望，這倒是沒錯的。

但是，當時的成吉思汗正處於事業上升期，不僅統一了蒙古草原，更是征服了我國東北和華北一帶，在他的字典裡恐怕處理國與國之間的關係已然沒有“平等”二字，在這份國書裡竟然把自己和摩訶末的關係比做父子，“我之視君，猶愛子也”，

而一開戰，花剌子模基本全程都在被動挨打，完全沒有一個對等大國該有的樣子，其根本原因還是成吉思汗時代的“大蒙古國”做為一個軍政合一的一元化政治實體比花剌子模這樣鬆散的國家有著更高的戰爭組織力。

這一點從成吉思汗確立的千戶制度上就可以充分反映出來了，千戶制是以十進位制統一編組草原牧民的兵民合一的組織，這些草原牧民在這個組織體系下“上馬則備戰鬥，下馬則屯聚牧養”，這個制度古已有之，但是在成吉思汗的改造下，純屬老瓶裝新酒，他有如下幾個特點：

第一、其麾下九十五個千戶，大部分為各部族人混編而成的千戶，徹底打破了原來的氏族組織的框架。

第二、千戶長都是由成吉思汗直接任命，大汗可以對千戶那顏進行任免和調換。而其成分是由忠於成吉思汗的功臣、部族首領、那可兒（伴當、夥伴）、姻親組成，打碎了氏族部落組織由貴族來充當首領的傳統。

第三、每一個千戶都有自己的屬地，所屬人眾不得隨意遷徙，否則將受到嚴厲的懲罰。“人們只能留在指定的百戶、千戶或十戶內，不得轉移到另一個單位去，也不得到別的地方尋求庇護。違反此令，遷移者要當著軍士被處死，收容者也要受懲罰”。