公元1635年，皇太極改國號為“大清”，標誌著清朝的建立，它是中國歷史上第二個由少數民族建立的大一統王朝。清朝政權自進入中原到正式成立清王朝一直都是以少數民族的身份，在清王朝成立初期，因為社會動盪，國內的反清復明口號十分的強烈，於是清政府為了加強統治就頒佈了“剃髮令”，將滿族的文化強制的加在了別的民族的頭上，這就引起了各個民族的不滿，但因為清政府對反清勢力的大力鎮壓，使得反清的勢力只好透過文字的形式來表達自己對清政府的不滿，清朝統治者瞭解這一情況後，便大興文字獄，來鞏固自己的統治地位。

清初時期，反清思想不能消除。漢族士大夫眷戀故明，宣揚“夷夏之防”一類思想，對鞏固清廷統治極為不利。為了加強滿洲貴族的封建專制統治，對反清思想就勢必要用暴力加以打擊。如：《明史輯略》案，涉及人員七十餘。或凌遲、或杖斃、或絞死……主犯莊廷鑨以大逆不道的罪名剖棺戮屍，另有數百人受牽連發配充軍。

雍正執政期間，時有湖南人士曾靜和張熙兩個書生受到明末清初思想家呂留良的著作中“華夷之辨”等觀點的影響，到處進行反清的組織活動。後來曾靜和張熙策動當時的川陝總督嶽鍾琪謀反，結果被告發，雍正親自審問後認為曾靜等為“迂妄之輩”，於是免除了刑罰，但卻將死去幾十年的呂留良開棺鞭屍示眾，其許多親族、學生及刻書藏書者受到牽連或被殺或被流放，這件事後人稱為“呂留良案”。

清帝大施文字獄維護自己的統治，打擊異己分子，鎮壓對自己統治不利的的思想言論而製造的一些因言論而獲罪的案件。清朝的文字獄案件多樣，縱觀有清一代，尤以清初順治，乾隆時期最甚。文字獄嚴重禁錮了思想，堵塞了言路，阻礙了科學文化的發展，這是封建專制主義日趨腐朽、沒落在思想文化領域內的反映，清朝統治者透過文字獄，強化集權統治，造成了萬馬齊喑的局面。