劉裕殺晉恭帝、還殺光晉朝司馬氏皇族的原因，無外乎三個：一個是對於前朝司馬氏的王朝統治方式徹底否定不認同；另一個則是擔心前朝司馬氏皇族會有反叛的可能；再一個便是劉裕皇位得來的過程畢竟有些“名不正”屠殺前朝遺老，是用武力彰顯強硬。

劉裕的不自信。因為他是一個寒族出身的皇帝，在整個世族社會里，他是沒有地位的。這就與往日的皇帝都不同了，滅了商的周朝姬家，本來就是顯赫的西伯；滅了周的秦，則是數百年的諸侯；奪了漢室江山的曹丕，也是世家官僚；司馬家也是。而劉裕，很悽慘， 他是個標標準準的窮人出身，當初他爹因為沒錢請乳母給劉裕哺乳，甚至一度打算拋棄他。從這一點看，他的境遇就遠不如滅了秦的劉邦，邦哥固然成分差點，只是一個小亭長，但好歹也是個有身份有地位的人，沒你混得那麼差啊！

晉恭帝繼位一年後，劉裕不再滿足宋王之尊了，於是就逼迫晉恭帝退位。晉恭帝不知道是沒心沒肺還是為了退位後活命，他居然欣然地對左右說：“桓玄之時，天命已改，重為劉公所延，將二十載。今日之事，本所甘心。\\\“不過說了這些並沒有讓自己多活很久，劉裕登基後將晉恭帝司馬德文被降為零陵王，其他用度和規格均是從前晉朝皇帝的規格，派遣冠軍將軍劉遵考帶兵看管。為了防止被毒害，司馬德文和褚皇后自己料理餐食，褚皇后不過萬萬沒想到的是兄長褚秀之、褚淡之害死了自己的兒子。

劉裕殺司馬氏，時也勢也，為了自己的安全感，為了年幼兒子們的安全感，為了防止小人借旗造反，劉裕採取了最簡單粗暴的方式，殺！畢竟權力已經在自己手上，要怎麼做也沒人能夠攔得住。而這也成了劉裕人生的最大汙點，給後世君王開了個壞頭。

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