建安十三年（208）是曹操的多事之秋，在新的大戰打響前曹操還面臨許多煩惱事，除心腹謀士郭嘉病逝外，曹操最疼愛的兒子曹衝也死於這一年。這一年，曹操還殺了名士孔融和名醫華佗。當然，也有值得慶賀的事，文化中上的盛事“文姬歸漢”也發生在這一年。

曹操剛接觸華佗的時候，心情也是非常舒暢的。對於這位醫療手段出神入化，名氣響噹噹的神醫，還是自己安徽亳州的老鄉，曹操對其格外的青睞。《後漢書·華佗傳》關於華佗的記載是“兼通數經，曉養性之術”，“精於方藥”。民間稱他為神醫。

正史和演義裡面都記載著曹操自身的頑疾：頭痛病。發作起來頭痛欲裂，華佗親自為其診斷並對其實施針灸治療。他從曹操胸椎部的膈俞穴進針，倒也暫時地緩解了曹操的頭痛病，不但腦清目明而且心曠神怡，曹操大為欣喜，強行把華佗留在身邊做自己的私人醫生，禁止華佗在去民間行醫。而作為一個名醫，華佗有著崇高的醫學精神，厭惡強取豪奪的封建豪強，無視榮華富貴，哪怕是風餐露宿也為更多的人解脫疾苦。正史中，對華佗的評價還是相當高的。

後來華佗以家中妻子生病為藉口，而這一去就沒有再回頭，曹操多次寫信催促未果，曹操大怒，派人前去查探華佗所說是否屬實，而結果就是，華佗的妻子並未生病，華佗給出的理由就是，只想做民間的赤腳醫生，為更多的人服務，不願做權貴的私人護理，華佗這一做法徹底激怒了曹操！曹操平生最恨的就是欺騙，遷怒華佗，最後把他殺了。華佗的死也是中醫史上一個重大的損失。在演義中，華佗的死是因為曹操猜疑華佗要替關羽報仇，所以才殺了華佗！因為一件看似很小的糾紛讓華佗死於非命，對曹操，對華佗，對醫學發展都是一件可惜的事，曹操本人也是能知人善用，重賢愛才，心胸也豁達，那為何容不下一個如此重要的醫生？不少歷史學家們，也紛紛給出了一些原因。

首先，曹操也是諸侯出身，雖貴為丞相，但也是手握軍權，管理著眾多文武將才，軍紀嚴明，法令不能違。華佗既然已是曹操的屬下，就得無條件的執行命令，有令必行、有徵必應這是基本紀律，給了華佗特例，別人如何去約束？就這一方面來講，曹操本人也落實得很到位。“割發代首”這個事件，不管是在演義裡面還有正史裡面都有著記載，足以表明曹操的執行力。正史裡面還記載了，華佗的認罪書，但是具體的罪名卻沒有詳細說明。

其次，瞭解三國的人都知道，曹操的名言“寧可我負天下人，不可天下人負我”，曹操的性格的一面惜才愛才，不管是仇家還是敵對的人，只要願意歸納其帳下的，曹操都會心胸豁達，不計前嫌，比如張繡、賈謝，徐晃、張遼，本是曹操對立面的，但是在曹操這邊都得到了重用，跟曹家有過血債的張繡和賈詡，哪怕是劉備是關羽，曹操拉攏的態度也極其誠懇。另一方面，曹操的性格有極度狹隘，尤其痛恨別人對自己的欺騙，身邊的人不得對自己有半點忤逆的想法，荀彧，有名的政治家，戰略家，更是為曹操舉薦了郭嘉，也是曹操的心腹之人，但是因為得罪了曹操，就沒有再給過荀彧的機會，後來的荀彧也是鬱鬱而終！更有說荀彧是被迫服藥自盡的！而相對於華佗來說，曹操給過其機會，曹操派人去探視，真相如果真的像華佗說的那樣，曹操自然也會通情達理，但事與願違，違紀和欺騙兩項罪責各個不能少。

最後，可以從曹操的人才觀上分析。雖然華佗的醫術高超，但是曹操絕對不會認為自己做錯事殺錯人，更不會覺得世上只有華佗這麼一位神醫，在正史中的《求賢令》有“唯才是舉”，還有一句“吾得而用之”，曹操的意思是不管是什麼樣文人武將，對於曹操這麼腹黑的人來說，一切對他有利才是最有意義的！換句話說，不是我的人，你能耐再大，名聲愛響、不能為我效力有可能就被對手所用，這樣的人留不得。而華佗的醫術造詣和其響亮的名聲，堅定了曹操處死華佗的決心，這不是曹操的頭腦發熱，而是想法過於超前，有史書說曹操殺完華佗，悔不當初，其實從曹操的性格來分析是不會後悔的。