我國傳統的經史之學發展到清代進入了一個大總結和大調整期，此時的學術走向議論者眾，但有個樸學大師不管如何褒貶都是饒不過去的，他就是與兄長毛萬齡並稱“江東二毛”的毛奇齡先生。

毛奇齡，字大可，又名甡，號秋晴，一曰初晴，學者稱西河先生。蕭山人。他幼年的時候聰穎過人。據說他耳聞母親口授的《大學》即能成誦。明末大名士陳子龍很喜愛他，給毛奇齡補了諸生。毛奇齡早年參與過一陣子抗清活動，後來明亡，他就隱居不出了。直到康熙年間，應試博學宏詞科，被授予翰林院檢討的職位，充《明史》纂修官。後來又當了一段時間的會試同考官，因為有腿疾，就請假辭官回鄉不復做官了。

毛奇齡的學術研究領域很廣，經史子集無不涉獵。但自負在經學，而且喜歡翻案。在我國的《尚書》學史上今古文之爭可謂貫穿始終。古文尚書自宋吳棫後學界多疑其偽，到閻若璩已經被證明是偽書，但毛奇齡寫了古文尚書冤詞。力爭古文尚書為真。另外，他還特喜歡找當時的學界名人踢館，比如顧炎武、胡渭等人都曾被他駁難。

在哲學方面，他尊崇王陽明，抨擊朱熹《四書集註》，撰《四書改錯》。毛奇齡以為，應該在認識上以知代行，在本體上以心代物。所謂閉戶造車，出門合轍。在對“格物”的理解上，他以為，就格物而論格物，非知本之學，而知本即格物。何謂知本？就《大學》言，一以修身為本，則本在修身；一以誠意為本，則本在誠意。而修身以誠意為本，由誠而正，即時正時城，迴圈以至於盡，是謂物有本末。知物之本末，格物也；知所先後，致知也。在道學正統的問題上，他以為程朱道學來自道家，而《宋史．道學傳》以程朱為正統，那麼後來史傳不宜有道學。聖學既然包括道學，謂陽明非道學則不可，但與道家有關之道學則無陽明，而陽明故儒也。陽明為儒而朱熹為道，此即道家之道，異學也。“聖學道學之爭，實亦朱學王學之爭，西河以朱子為異學而主陽明，在清初是王學之皎皎者。”

在《周易》研究方面，他於隱居杭州的時候，寫成仲氏易一書，“一日著一卦，凡六十四日而書成，託於其兄錫齡之緒言，故曰“仲氏”。”又著推易始末四卷，春秋占筮書三卷，易小帖五卷，易韻四卷，河圖洛書原舛編一卷，太極圖說遺議一卷。其言易發明荀、虞、幹、侯諸家，旁及卦變、卦綜之法。奇齡分校會闈時，閱春秋房卷，心非胡傳之偏，有意撰述，至是乃就經文起義，著春秋毛氏傳三十六卷，春秋簡書刊誤二卷，春秋屬辭比事記四卷，皆條例明晰，考據精核。

在《詩經》研究方面，他著有毛詩續傳三十八卷。

毛奇齡還懂音律，曾作竟山樂錄四卷，及《樂本解說》、《皇言定聲錄》等。除潛心經學外，對地方誌也有研究，著有《湘湖水利志》3卷、《蕭山縣誌勘誤》3卷。

毛奇齡的詩詞寫的也很好，本身是一位詩詞大家。《<四庫全書>總目提要》說“奇齡善詩歌樂府填詞，所為大率託之美人香草，纏綿綺麗，按節而歌，使人悽愴，又能吹簫度曲。”他的《西河詞話》，對詞曲的發展演變影響深遠。比如他有一首《江城子》就寫的膾炙人口，“ 日出江城雞子黃。照紅妝。動江光。採蓮江畔，錦纜藕絲長。欲問小姑愁隔浦，長獨處，久無耶。赭門東上海潮青。古西陵。雨冥冥。越王宮女，著屐在樟亭。亭下教兵遺竹矢，秋日晚，墮鴉翎。”

毛奇齡的著述過多，後人多有微詞，比如全祖望在《西河別傳》有云，“西河所撰過富，經後儒審正，有造為典故以欺者——-有信口臆說者——-有前人之言本有出，而妄斥為無稽者——-有因一言之誤而誣其終身者——-有貿然引證而不知其非者——”

毛奇齡於九十一歲時去世。死前他自撰墓誌銘，提出死後“不冠、不履，不易衣服，不接受弔客”。他的門人弟子眾多，比較著名的有李塨、邵廷采等人。