如果要為拜仁慕尼黑在歐洲賽場尋找一位最佳對手，那麼這支球隊非皇家馬德里莫屬，如果要為皇家馬德里在西班牙之外尋找一位勁敵拜仁慕尼黑也必然名列其中，僅從交手記錄上來看，拜仁和皇馬是歐冠賽場上碰面次數最多的一對手，26次對戰造就了他們之間非比尋常的情緣糾葛，歐冠賽場有多少愛恨情仇，拜仁和皇馬的綿綿對抗就是歷史的見證，儘管當皇家馬德里在歐冠賽場開創五連冠的偉業時拜仁慕尼黑在德國國內還只有兩個冠軍頭銜，但很快德甲巨人就以強者的姿態走上了通往歐洲王位的路途。
1975到76賽季拜仁慕尼黑和皇家馬德里終於在歐冠賽場迎來了歷史上的首次相遇，當時雙方的巨星陣容，足以在比賽日引爆兩座城市。皇馬陣中正擁有博斯克，貝尼託，桑迪利亞納等巨星，還引入了內策爾和布萊特納兩名聯邦德國隊的國腳，而拜仁也同時擁有著貝肯鮑爾，赫內斯，魯梅尼格等王朝奠基人，還有當時最不可忽視的人物傳奇射手蓋德穆勒。正是轟炸機穆勒在兩回合的比賽中共打入了三粒進球，幫助拜仁慕尼黑，以總比分三比一淘汰皇家馬德里，挺近冠軍盃決賽，在隨後的決賽中，拜仁又1-0戰勝聖安地安。成為繼皇馬和阿賈克斯之後，歷史上第三支獲得冠軍盃三連冠球隊。
傳奇隊長：貝肯鮑爾
上世紀80年代，他們連續兩個賽季碰面，86到87賽季拜仁以總比分4比2將皇馬淘汰出局，而一年後，皇馬就馬上完成復仇，在歐冠1/4決賽的賽場上，皇馬在0比3落後的情況下，五分鐘內連扳兩球，最後他們以總比分4比3送拜仁回家，而這樣的戲碼在此後的數十年間一直在反反覆覆地發生著，他們誰也無法凌駕於對方之上，他們甚至就這樣相伴著一起經歷的高峰也一起走過了低谷。
皇馬銀河戰艦
在新世紀之初，拜仁和皇馬的交戰次數更加頻繁，從2000到2002年的三年，兩大豪門連年共交手八次，還分割了這三個賽季的賽季的歐冠冠軍，尤其令人印象深刻的就是1999-2000賽季，拜仁慕尼黑在歐冠第二階段小組賽中兩回合比賽共八次洞穿了皇家馬德里的大門，在伯納烏拜仁送給了皇馬一場，當時最慘烈的主場失利，回到慕尼黑，拜仁再次打入了四粒進球，他們用一場大勝送別了自己的功勳隊長馬特烏斯。在漫天的煙花中，已經39歲的馬特烏斯與拜仁慕尼黑深情告別，遠赴美國大聯盟繼續職業生涯。
在這個賽季的半決賽中，雙方再次相遇，皇馬突然找到了對付拜仁的突破口，這個突破口就是阿內爾卡，坐鎮伯納烏開場僅四分鐘，阿內爾卡和勞爾就一個教科書級的反越位進球，撕開了拜仁的防線，當時老將耶羅，雷東多，以及勞爾，邁克馬拉曼，阿內爾卡，古蒂和卡西利亞斯的陣容配置，讓皇馬即將開啟又一段風光無比。
2001到02賽季皇家馬德里在齊達內的率領下，皇馬在四分之一決賽中以總比分3比2淘汰拜仁。又在最後的決賽中擊敗了德甲另一個勁旅勒沃庫森，僅時隔一年後，他們再次登頂歐洲。三年之間，皇馬和拜仁交替完成了一場冠軍接力賽，在取勝對方後，他們都沒有讓冠軍旁落。因為交手頻繁，皇馬在後來一直把拜仁稱為黑色野獸，他們都把對方看作了最難對付的敵人。
不過拜仁和皇馬的交鋒史上激烈的一次對決還要數2011-12賽季的歐冠半決賽，當時的第二代銀河戰艦已經打造完成，而拜仁也對即將在自己的主場安聯球場進行的歐冠決賽志在必得，雙方首回合的比賽就進行的精彩激烈，直到比賽的最後一分鐘，拜仁才完成絕殺，在自己的主場艱難取勝皇馬。
第二回合轉戰伯納烏，開場僅15分鐘，c羅就兩度敲開了拜仁慕尼黑的大門，一度讓皇馬球迷看到了晉級的希望，當羅本利用點球機會為拜仁扳回了一球，90分鐘過後，雙方的總比分為3比3平，這是第一次雙方的對決進入到了加時賽，也是第一次要透過點球大戰來決定拜仁和皇馬究竟誰能夠晉級最後的決賽，當然這也是第一次穆里尼奧全程跪在草坪上觀看自己的球員們主罰點球，只是他的虔誠並沒有收到成效，最終是本賽季剛剛轉會到拜仁慕尼黑的門將諾伊爾一戰封神，他打出了c羅的罰球，又封住了卡卡的罰球，在施因施耐德一錘定音之後，拜仁慕尼黑笑到了最後，只可惜小豬迎接勝利的激情沒能延續到最後的決賽中，拜仁慕尼黑在決賽中點球大戰憾負切爾西第五次問鼎歐冠的願景又推遲了一年才得以實現。
c羅可謂是拜仁的最大剋星，2016到17賽季，c羅在與拜仁的兩回合比賽中共打入了五粒進球，儘管他在第二回合比賽中打入的第二球有越位之嫌，但不可否認，齊達內揮下的皇馬更趨完美。克羅斯和哈梅斯羅德斯羅德斯的加盟讓皇馬中場空前強大，在雙方對戰成績中的優勢逐漸被皇馬拉平。自2012年之後，拜仁慕尼黑還沒有在歐冠賽場上戰勝過皇家馬德里。
2017-18賽季，拜仁在於皇馬的兩回合交鋒中分別出現了致命失誤，再次將進軍歐冠決賽的機會拱手讓出，在老對手的目送下，皇馬成為了歐冠改制後第一支獲得歐冠三連冠的球隊，他們共13次在歐冠賽場上登頂，這更是一份絕無僅有的榮耀，同樣難能可貴的是，在長達數十年的交戰中，皇馬與拜仁從對方身上收穫的不止有怨恨，更有恩威。他們的怨只停留在了競技層面，兩家歐洲豪門始終保持著珍貴的友誼，在歐冠賽場的26次對決，拜仁取勝12次，皇馬取勝11次，拜仁共打入了38粒進球，皇馬則進賬41球，在總成績上，他們幾乎不分勝負，具體到每一場比賽，每當拜仁與皇馬相遇必有火花飛濺，氣勢流芳，這也是球迷的共識，放眼歐洲賽場，他們是彼此最想戰勝的對手，也是彼此最尊重的友人。