朱棣發動靖難之役後，最終戰勝建文帝朱允炆，登上權力頂峰，在位二十二年。由於朱棣是奪取建文帝的皇位，而當時原來忠於建文帝的大臣並不認可朱棣做皇上的合法性。不承認不要緊，朱棣對待建文舊臣不承認其合法地位的方法很簡單，奪位後便將建文帝諸臣通通殺戮。在1402年，朱棣攻陷南京後，就開始對建文舊部開始清算，滅掉大索齊泰、黃子澄、方孝孺等五十餘人，左僉都御史景清先假意投降，而後趁機對明成祖行刺，結果未遂，成祖朱棣大怒，下令誅景清九族，並派人挖掘了他家人的祖墳。

方孝孺被殺後，他的十族親眷也被滅掉，合計八百七十三人死於非命，外親死者高達數千餘人；如練子寧之死、陳迪之死、胡閏之死、董鏞之死、卓敬、黃觀、齊泰、黃子澄、王度、盧原質等之死，殘酷誅方孝孺十族，使天下讀書的種子都沒有了，其牽連人數之多是不可想象的。明成祖朱棣坐上皇位後，對明朝的君主專制制度進行強化，他先是復周、齊、代、岷諸王舊封，他的皇位較為穩固後，朱棣開始削藩行動。他先對建文帝的直系親屬削藩，建文帝的三個弟弟，吳王朱允熥、衡王朱允熞、徐王朱允，先是降為郡王，最後都被廢為庶人。

然後又將齊王護衛及官屬廢為庶人；朱棣還陸陸續續削減周、岷、代、遼諸王護衛等官位，繼續推行明太祖朱元璋所推行的富民政策加強對豪強地主的管控。在永樂初，朱棣非常重視監察機構，一方面利用宦官出使、專征、監軍、分鎮、刺探大臣跟百姓的隱事，同時設立鎮守內臣和東廠衙門，完善錦衣衛，廠衛結合，繼續發展與強化中央集權的專制統治。明成祖時期，北方多旱災，蝗災，南方多水災，永樂元年，北方就就出現災情，同年四月免除

天下未開墾田地的賦稅，山東出現蝗災，河南也出現蝗災，明成祖就免了河南今夏的賦稅又進行賑恤，南方也發生水災，又賑災江西、湖廣水災。

永樂二年，對蘇州、松江、嘉州、湖州、杭州的水災又免賦，明成祖時期雖然多水災，旱災，蝗災。災害頻發，但是由於明成祖賑災得力，減輕了災害對百姓的危害。朱棣當皇帝的時期，嚮明朝入貢的藩屬國達到三十國之多。明朝疆土的廣闊，遠遠超過了漢、唐兩朝。派鄭和下西洋，開創了我國曆史上乃至世界歷史上遠洋航行的先例。每到旱澇災荒之際，都能夠為黎民百姓著想，永樂帝朱棣在位二十二年間，勵精圖治天下。但歷史上對於朱棣的爭議頗多，有人認為他手上沾滿了鮮血，但總的來說功大於過。