日本財團並沒有權力集中統一的管理機構，表面看上去更像是一個超級企業聯盟，然而這個看似鬆散的組織，卻能協調一致地掌控著整個日本經濟的命脈並將觸手滲透到了世界每一個角落。
除了交叉持股、主辦銀行、核心商社等要素外，以“總經理會”為代表的財團內部各式各樣的組織協調機構，也在將財團凝聚成一個堅不可摧的經濟共同體的過程中，起到了關鍵作用。
日本財團是如何組織協調
“總經理會議”是各個成員企業總經理定期聚會交換資訊（情報）和交誼的場所，同時“總經理會議”也是各公司領導統一決策和協調財團戰略發展的“總參謀部”。三井財團的總經理會議因為在每月第二個星期四舉行，所以被稱為“二木會”。日本財團正是以“總經理會議”和互相持股為基礎形成經濟共同體，財團凝聚力也隨著成員企業間商業合作、人員流動和資源整合而得到不斷加強。
三井業際研究所負責財團內不同行業不同企業間的業際研究，負責制定整個集團的營運方針，收集和管理有關資訊，進行業務調研，促進國內外各機構間的交流合作等。是隸屬於三井財團總經理會議“二木會”的直屬研究機構。
三井廣報委員會負責三井財團的社會宣傳活動，承擔著將三井財團理念、形象等向外推廣的工作，擔負著整個財團的對外宣傳和公關職能。綱町三井俱樂部是非對外公開的，僅作為三井財團成員及關聯企業內部使用的會員制俱樂部。三井文庫作為三井家族及財團史料收集和調查等的研究機構，早已運行了100多年，除了收藏各個時期三井財團企業資料外，也下設了美術館等藝術收藏機構。
三友新聞社作為三井財團唯一的紙媒宣傳機構，主辦了《三友報》、《三井財團簡介》等，並負責財團內部“三井網路”的運營。
財團內部的最高決策組織為總經理會議
一、 二木會、月耀會
戰後日本的財團，因法律限制而不能成立控股公司，其組織方式主要為系列化，亦即財團內的各參加企業保有其獨立性，透過相互持股、投融資或業務合作、重要幹部派遣與主力銀行居間協調等方式，形成參加企業間彼此堅固緊密的結合關係。
財團內部的最高決策組織為總經理會議（社長會）。總經理會議是由財團內主要企業的總經理所組成而召開的定期例行會議，一切有關財團利益的經營策略決策與情報交流的最高層組織，例如：三井系的二木會、三菱系的金曜會、住友系的白水會、芙蓉系的芙蓉會、三和系的三水會與第一勸銀系的三金會。
50年代初，由三井銀行發起成立了月曜會，是在每週星期一三井財團成員企業董事間進行和睦交流和資訊交換的聚會，接著以促進三井物產的合併為目的而成立了總經理一級會議——五日會，1960年改名為二木會，並逐漸成為三井財團的統籌領導機構。二木會成立後，作為前身的月耀會依然保留。
50年代末，原三井財閥直系、旁系公司以企業集團的新形式集結而恢復成為大財團。三井財團的經理會成員公司及其子公司和連帶公司曾高達150多家。
作為低一級的月耀會，目前成員基本囊括了三井財團的諸成員企業。
而作為總經理一級會議的二木會，26成員如下：
石川島播磨（IHI）、富士膠片（fujifilm）、王子製紙（OJI）、三井化學、三機工業、三井金屬礦業、商船三井、三井住友海上火災保險、太平洋水泥、三井住友建設、日本電化（Denka）、三井住友信託、東芝、三井生命保險、東麗（toray）、三井倉儲、豐田、三井造船、日本製鋼、三井不動產、日本製紙、三井物產、日本製粉、三越、東京放送、三井住友金融
二、三井業際研究所
三井業際研究所作為二木會的直屬機構，成立於1978年（昭和53年）10月1日，目前會員由三井財團31家成員企業組成，主要在“跨行業的業際領域發揮智囊集團的機制作用”。研究所的運營委員會主要由三井集團內重要公司的高層領導組成，負責制定整個集團的營運方針，收集和管理有關資訊，進行業務調研，促進國內外各機構間的交流合作等。
截至目前，三井業際研究所運營委員長曾先後由三井化學、三井物產、東芝、三井金屬礦業、三井住友金融集團等三井財團核心企業的高管擔任，現任運營委員長即為三井住友金融集團總裁兼三井住友銀行董事長的北山禎介。
“業際”這一概念的引入，使財團內不同行業不同企業間的經營資源實現集合高效的利用，並透過各財團成員的同心協力，在共同進行著新領域、新業際調查研究的同時，實現財團內部資訊的蒐集和共享。
近年來，全球化、網路化得到進一步發展，社會、經濟方面的環境也在不斷變化，但隨著以往產業框架下不同行業、不同領域間企業的合作加深，業際間的研究也變得越來越重要。
三井業際研究所組織結構如下圖所示：
三井業際研究所的運營委員會下設綜合部會、社會部會和技術部會三個部會，各自部會下設常設委員會，各自部會會根據提出的調査、研究主題進行各自相關的業際研究、活動。
目前，以參加的三井集團31家會社企業的高階幹部作為代表，研究所集合了財團內超過500名的各行各業的專業團隊，共同進行業際活動，實現各公司間人材的利用和交流。
目前31家成員如下：
石川島播磨（IHI）、藤倉（fujikura）、揖斐電子（IBIDEN）、富士膠片（fujifilm）、王子製紙（OJI）、三井化學、三機工業、三井金屬礦業、商船三井、三井住友海上火災保險、太平洋水泥、三井住友建設、日本電化（Denka）、三井住友信託、三井住友金融（SMFG）、東京放送、東芝、三井製糖、東洋工程、三井生命保險、東麗（toray）、三井倉儲、豐田、三井造船、日本製鋼、三井不動產、日本製紙、三井物產、日本製粉、三越、優利（UNISYS）
三、三井廣報委員會
1961年（昭和36年），三井廣報委員會的前身“三広會”成立，“三広會”曾是三井財團八大企業的宣傳活動主體；1972年（昭和47年）4月1日，在“三広會”基礎上發展擴充而來的“三井公關委員會”成立，這也正是三井廣報委員會的前身。現在，委員會成員企業為25家。負責三井財團的社會宣傳活動，承擔著將三井財團理念、形象等向外推廣的工作。
國際文化的交流推進：
三井廣報委員會為了促進國際間的相互理解，透過國內外主辦、贊助的各種活動介紹優秀的日本藝術、文化等，以推進國際文化交流。
帶動地域文化活動：
三井廣報委員會在日本國內在各地域推進藝術、文化活動，為地域社會活性化做出了貢獻。
財團宣傳活動的推進：
三井廣報委員會表示，在三井財團的活動中，為了獲得廣泛的理解和支援，透過多樣的媒體，開展積極的宣傳活動。
目前25家成員如下：
AIM服務、王子製紙（OJI）、札幌啤酒、三井住友銀行、三井化學、三機工業、三井金屬礦業、商船三井、三井住友海上火災保險、日本電化（Denka）、三井住友信託、三井住友金融租賃、三井生命保險、三井造船、日本製鋼、三井不動產、三井物產、三越、山崎工程、東洋工程、JA三井租賃、三井石油、新日本空調、東麗、三井soko
四、綱町三井俱樂部
綱町三井俱樂部，地處東京都港區三田二丁目，也簡稱為三井俱樂部，是非公開僅作為三井財團成員及關聯企業內部間使用的會員制俱樂部。
1910年（明治43年），在島津氏的日向佐土原藩的江戶藩邸（上屋敷）基礎上，三井總領家第10代當主三井八郎右衛門高棟時設計興建的。1913年（大正2年）竣工後，作為三井財閥的迎賓館使用。1953年（昭和28年），二戰結束前後是海軍的參謀聯絡處。
現在承接三井財團會員公司的接待、宴會、各種聚會和婚禮等。僅會員公司管理職以上的職位及董事OB才能成為會員，財團外人員也只有經由會員介紹才可以使用。
目前30家會員如下：
石川島播磨（IHI）、藤倉（fujikura）、富士膠片（fujifilm）、王子製紙（OJI）、三井化學、三機工業、三井金屬礦業、商船三井、三井住友海上火災保險、太平洋水泥、三井住友建設、日本電化（Denka）、三井住友信託、東芝、三井生命保險、東麗（toray）、三井倉儲、豐田、三井造船、日本製鋼、三井不動產、日本製紙、三井物產、日本製粉、三越、優利（UNISYS）、新日本空調、日本紙漿商事、三井住友銀行、三井不動產三菱信託
五、三井文庫
作為三井家族史料的收集和調查等的研究機構，“公益財團法人三井文庫”早在100多年前就開始進行活動，現在也在三井財團的支援下繼續著。
三井家族編年史的事業早在明治24年（1891）就開始了。明治36年（1903），“三井家族史以及事業史編纂的法則”確立，為日後文庫事業的推進奠定了基礎。到現在為止，三井文庫主要收藏了江戶時代的京都江戶大阪各店的帳類等，隨著時間推移，明治以後設立的新公司的帳務也得到保管。
六、三友新聞社
第二次世界大戰後，由於《禁止壟斷法》，三井財閥被拆散解體。此後，《禁止壟斷法》不斷修改，舊財閥系統的企業有了重新聚合的可能。1950年美國發動侵略朝鮮戰爭，日本成為軍需資材和勞務供應基地，因此獲取巨大利益。由此，被解散的日本財閥系統的企業又出現了逐步聚合的局面，最終而形成為新型的壟斷資本集團
同時，三井各原成員企業的用於聯絡、交流作用的機關紙媒得到發行推廣，在三井財團原成員的強有力地支援下，昭和28年（1954年）4月3日，作為日本唯一的三井財團宣傳紙媒的新聞社，三友新聞社成立，主辦刊物——《三友報》。
《三友報》
每週四發行的財團內部週刊。刊登三井財團的企業動向、人事調動、產品、福利、衛生、各種社團活動等新聞資訊。
《三井財團簡介》
三井財團歷史、財團內各機構、企業、國內各相關企業，三友會等的介紹刊物，作為財團內各公司職員教育的資料受到好評，隔年發行。
《三友網路》
應用於三井集團及國內相關公司、歷史性關係企業，包括各公司職員、國內事業所、國內相關公司等，成為財團內交流促進的工具，內部使用不對外。
七、啟明學園
三井財團創辦的啟明學園作為歸國生教育的開拓者，已成為日本國際教育的一部分。明治34年（1901），三井總領家第10代當家三井八郎右衛門高棟的三男三井高維出生，三井高維後來作為牛津大學的研究生生活在國外。回國後的昭和15年（1940），以國外工作人員的子女教育為目的的“啟明學院”創設。