南北朝時期，《藥師經》在我國翻譯出來並開始流傳，藥師佛信仰逐漸形成，到唐代開始流行。唐宋之後，藥師佛信仰之風仍然頗為盛行，波及西域、日本等地區和國家。藥師經典的漢譯本，前後共有五種，四存一佚，現存四種譯本內容大同小異，屬同本異譯，其中，玄奘法師翻譯的《藥師經》最為流行，義淨法師翻譯《藥師經》最為完整。

義淨翻譯的《藥師琉璃光七佛本願功德經》又稱《七佛藥師經》，增添了不少密教方面的內容，如把藥師如來由一佛變成了七佛。增添有：法海慧遊戲神通如來、藥師琉璃光如來、善稱名吉祥王如來、寶月智嚴光音自在王如來、無憂最勝吉祥如來、法海雷音如來、金色寶光妙行成就如來。表述說這些如來各住在東方四恆河沙，甚至十方恆河沙世界，發大願拔濟眾生的苦惱。北魏時期任瓜州刺史的東陽王元榮在永熙二年（公元533年）五月七日，七月十五日曾兩次大規模抄寫《藥師經》。

唐朝以前，《藥師經》是當時作功德常寫的經典之一，藥師佛已是人們信仰崇拜的重要物件之一。反映出此時期藥師信仰逐漸盛行。供奉藥師佛像是藥師信仰最主要的表現內容之一，這一點在敦煌有突出的表現。敦煌尊像畫中，除了千佛，單尊像數量最多的就是藥師如來，僅莫高窟壁畫中就有550餘尊藥師像，數目龐大，表現出民眾熾熱的藥師信仰。

敦煌的藥師佛像最早出現在隋代302窟的南壁東側，隋代305窟西壁北側藥師佛說法圖中，藥師佛結跏趺坐於蓮花座，身著大紅袈裟，左手託缽，右手食指與大拇指相捻作說法印，華蓋上懸掛長幡，兩側侍立四身菩薩。唐代敦煌民眾造像供養藥師佛，達到了登峰造極的地步，往往在一個洞窟內不厭其煩地連篇繪製，同寫經一樣反映出人們信仰供奉藥師佛的熾熱。求平安長壽是人們的主要願望，藥師佛以除怖、療疾、解難、滿願等與人們切身有關的需求吸引信眾，只要敬念藥師佛名號，就可以解脫生、老、病、死等苦難，可以免除九種橫死。

藥師佛能夠延年益壽、消災除病，滿足了很多人的本能需求，所以藥師信仰在當時十分流行。