拿破崙為確保普魯士在1805年保持中立，安排了普軍佔領漢諾威。但此舉在1806年夏天反而加深了巴黎與柏林的摩擦，當年秋季主戰派在首都勸諫弗里德里希·威廉國王與拿破崙決裂。與1805年的奧地利一樣，他們也期盼俄國人的援助，更與奧地利相同的是，普魯士也在聯軍就位之前就挑起了戰端。拿破崙與除近衛軍以外的大軍正駐紮在南德意志兵營，戰爭迫在眉睫時奈伊軍集結於紐倫堡，在即將展開的向普魯士領土行軍的行動中，第六軍與第四軍蘇爾特元帥共同組成大軍右翼。駐紮在德意志的大軍團共6個軍，馬爾蒙的第二軍在達爾馬提亞。6個軍兵力如下：近衛軍正匆忙從巴黎開赴前線，他們遠赴美因茨轉運約百輛四輪馬車。當他們加入大軍時，法軍對外宣稱的戰爭兵力達到190，000人。奈伊軍由2個步兵師和1個騎兵旅組成，團仍是自布倫大營和英格蘭軍團時期的組成成員，高階軍官經驗豐富，這個固定組成是大軍團力量的重要來源。若米尼在上一年輔助奈伊的參謀長杜塔利斯將軍，但他時常缺席併到皇帝參謀部效命。第一師由馬爾尚將軍指揮。
1805年奈伊的師長馬勒將軍在戰役之初於名義上指揮第二師，但後來因病離職，他的一名旅長——馬爾科涅將軍擔任臨時指揮。第六軍組成如下耶拿戰役的總體思路，一言蔽之就是，普魯士在薩克森軍隊的支援下，經艾森納赫、埃爾福特和圖林根森林北坡的魏瑪備戰，朝法軍在南德意志的兵營進發。國王隨軍，軍隊指揮為布倫瑞克公爵。雖然布倫瑞克公爵曾在法國革命戰爭中敗北，但普魯士人仍認為他是名出色的將軍，以及一位訓練有素的戰爭藝術大師。整個普魯士軍隊彷彿還活在弗里德里希大帝昔日的榮光之下，而且對這個將要給他們慘烈教訓的“科西嘉暴發戶”很不屑。在10月初聽到法軍開拔的訊息時，150，000人集結在普軍大營，軍官們討論著行動計劃，在布倫瑞克的戰爭理念裡更傾向於給法國人痛擊而不是考慮如何讓其戰鬥更有力地影響敵人。法軍兵鋒寬闊且由繆拉騎兵掩護，起初沒人能斷言是否會有法國人穿過圖林根森林進攻布倫瑞克中路或其中一個側翼。隨後事態明瞭，拿破崙的目標是萊比錫。將作戰當成幾何問題解決的布倫瑞克看到這次穿過左翼的行軍無疑是給了他撲向法軍縱隊的絕佳機會，於是在10月的第2周，他來到右側，兩股力量朝向了耶拿和奧爾施塔特。
這是拿破崙第一次以日後典型的陣型行軍——一眼望去它是老式的左中右直線序列，但組成的三個部分都是軍團級的大縱隊。組成如下：各軍彼此間隔著一天路程。縱隊最開始兵鋒45法裡，隨著繼續行進，兩側翼迅速合攏直至左右兩翼距離不超過15法裡。這樣7支軍隊便可以在24小時之內集結於無論前方或側翼的任何地點——這種行軍陣型在博納爾將軍關於拿破崙戰役研究的書中稱為“bataillon carre”，即方陣戰鬥體制。拿破崙的目標不是將對手趕出某個陣地或將他們擊潰，而是在所有法國軍隊能在關鍵時刻投入戰鬥的有利條件下與敵人交火。在耶拿戰役中，拿破崙將大軍團移至布倫瑞克左側，雖然行進目標是萊比錫，但他真正的目標並不是那裡，而是普魯士軍隊。當布倫瑞克調兵遣將到他的左側向法軍前進路線發起進攻時，後者的左側縱隊調轉方向直面向他，另外兩路縱隊前來支援。這樣法軍在行進中原始的右、中、左路將不再有任何問題。在10月14日的兩場戰鬥——耶拿和奧爾施塔特——第五、七軍在左，而第四、六軍在中，第一、三軍組成位於奧爾施塔特的右翼攻勢。
由於貝納多特的失誤，第三軍單獨面對著比自己多出數倍的敵人，但在耶拿的皇帝仍覺得他的軍隊來得太遲以至於不能實施有力一擊，目前為止他以同等兵力與布倫瑞克作戰，但法軍卻有著更加出色的戰鬥力。之前普魯士曾希望能夠擊潰法軍左側縱隊，但一天的戰鬥下來，他們成了被擊潰的一方，在稍後的法軍窮追猛打下，又被完全摧毀了。在開進普魯士的行軍中，奈伊軍組成的是軍團右路的後衛，跟隨著蘇爾特的第四軍，不過從戰役伊始，奈伊就被命令在必要情況下可以單獨行動。科爾貝將軍帶領著他的全副武裝的混合旅，騎兵、第25輕步兵團和遴選的步兵連組成一個臨時營，還有一個完整戰鬥單位的輕炮兵部隊。緊隨其後的是馬爾尚和馬爾科涅將軍指揮的2個步兵師。8月，他們佔領了拜羅伊特，10日，在霍夫（Hoff）渡過薩勒河，第六軍開進了薩克森。
奈伊發現為士兵提供補給並不容易。拿破崙時代長距離行軍都是靠向周邊村鎮徵集物資來解決給養問題的，但蘇爾特的徵用已經拿走了全部的乳酪，留給奈伊的只有脫脂牛奶。於是在戰鬥交火之前，奈伊計程車兵時常勒緊腰帶，期盼困難時期趕快過去。11日，奈伊的行軍路線偏離了蘇爾特的路線，他被命令向奧馬前進以靠近中路，同日，科爾貝搜尋糧草的隊伍穿過村鎮直到他們走上中路軍隊的預定路線，找到了一些還未被其他人掃蕩的村莊，後者到來時發現整個村子都被吃空了。奧馬附近的村莊、科爾貝夜間的宿營地還有大量的火苗未燒盡冒著煙，該地因對徵用部隊進行抵抗而被放火。當天德·費藏薩克記錄了一件事，顯示了奈伊奇怪的指揮方式，也體現了整個帝國軍隊的運作機制。作為共和年代計程車兵，奈伊一直與身邊共事的同僚保持親近的關係，但成為帝國元帥後他便與他們疏遠了。有一種解釋是說，奈伊在布倫時期被一名軍官可恥地背叛，從此他便把自己保護起來，不再相信任何人；另一種說法是，奈伊迅速升遷使他更小心謹慎地維護自己的地位，避免那些曾經與他親近的人藉此驕橫。無論怎樣，奈伊的下屬被告知除非召喚或日常的任務交流外不許和他對話。在奈伊的軍事“圈子”裡只有杜塔利斯和若米尼可以與他自由談話。在行軍中奈伊也是獨自騎行，就連在營地或參謀部他都是單獨進餐的。
這種已經被奈伊習以為常的形單影隻的狀態也影響著軍隊的日常工作——皇帝參謀部下達命令並不經常和參謀討論，當他們需要執行命令或傳遞給師將軍或旅長時，他們只能聽到一言片語，對發生了什麼只有含糊的理解，下屬軍官們就是在如此缺陷下執行上級命令的。德·費藏薩克認為這種不太考慮實際的做法在大軍中很常見，而且這是不久後的災難時代損失慘重的源頭。10月的某天，在舒爾茨，奈伊叫來德·費藏薩克並交給他一份檔案，命其把檔案送到科爾貝將軍手上。當這位副官詢問如何能找到科爾貝時，奈伊尖刻地說：“別問我，我不像他們。”並讓他離開。於是，這位副官便開始自己尋找科貝爾。顯然，他沒有被告知科爾貝正向奧馬移動的訊息，不然他應該立即向前鋒方向疾馳。他首先要打聽科爾貝將軍在哪裡，然後詢問該如何到達，因為他沒有地圖。“大軍團的軍官，”他說，“不帶那種東西。”閱讀地圖很明顯是隻屬於元帥的工作。德·費藏薩克一開始便得到了錯誤的訊息，不過他意外地遇到了科爾貝將軍麾下一名獵騎兵，這才幫助他找到了科爾貝的宿營地，成功將信件交給了他。
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