十六世紀小貴族的物質生活看來是很差的，這無疑是物價飛騰之故。這批小貴族在起義中起著十分積極的作用。城市特權階級也有埋怨的地方：西班牙政府有計劃地設法廢除那些保證城市一定自治的特權。
一般說來，事態發展過程如下：捐稅遞增，首先引起城市居民對稅吏的不滿，怨聲四起，接著爆發起義（其次數頗為可觀）。
國王利用發生起義的機會，把城市憲法修改得完全和城市自治精神背道而馳。行會會長不再透過選舉產生，而是由國王任命，城市官吏從此也是由國王直接指派。久而久之，這些官吏就會成為君主的馴服僕役，但在十六世紀這一革新的時代，國王們的政策恰恰是把城市官吏們驅入叛亂的陣營。
最後，談到遊民和窮人，他們在叛亂中的重要作用可以從很多跡象推斷出來。跡象之一，是政府對乞丐問題和遊民問題表示極大的關注：例如，1531年頒佈了一項法令，禁止行乞，並規定在整個尼德蘭舉辦各種窮人救濟事業。
另外一個跡象是破壞聖像運動具有公認的“社會”性，加爾文教也是如此。在破壞聖像運動中，貧苦階層顯然起著最積極的作用。至於加爾文教所作的宣傳，從某個時候開始在人民群眾中得到較大的響應。
宗教的危害與社會的憂患二者之間的聯絡，也從對再洗禮派的極端殘酷的鎮壓中得到了證明。再洗禮派的殉難者比所有其他新教運動殉難者的總和還要多得多。可是，在整個運動中，如果不恰如其分地估計到純宗教的因素，那當然是荒謬的。
儘管新教運動也為支援社會運動而效勞過，但並不能消除新教運動的宗教性。新教在尼德蘭傳播極快。路德是在1517年於維滕堡發表他的“論文”的。這些論文很可能同一年就傳播到安特衛普－大家知道，安特衛普同德意志有著緊密的經濟聯絡。
當時奧地利的瑪格麗特以查理五世的名義治理著尼德蘭。她的扈從們深受人文主義潮流的影響，似乎不很容易下決心嚴懲新教。但是對於身為德意志皇帝的查理五世來說，問題卻有著十分明顯的政治意義，於是很快就對新教進行迫害了。
起初，僅僅是禁止路德的作品，而自1520年起，就頒佈了對異教徒判處死刑的法令。事情不是到此為止。原有主教裁判所顯得不夠得力，所以設定了國家宗教裁判所，以打擊新教徒。同時，還決定任何論述宗教問題的書籍未經特別許可，不得出版。
這是圖書檢查制度的第一次出現。1544年建立了圖書預審制度，一直保留到舊制度的末期。自1523年起，路德教首批殉難者終於登上火刑場。他們是幾千個受害者的先鋒。
可是，路德教畢竟沒有得到十分廣泛的傳播。安特衛普無疑是路德教十分活躍的中心，但也只有百分之十五的居民信路德教。在路德於1525年譴責農民起義以後，就看不出這個教派能象再洗禮派和加爾文派那樣，起著社會叛亂的催化作用。
可是從1529年起出現的再洗禮派，情況就不同了。這一年，恰巧公佈了可怕的《檄文》，說是隨便議論信仰問題者將處以極刑。
這兩件事很可能沒有因果關係，但是由於再洗禮教徒當中有一部分人從事社會革命活動，所以他們都要成為極其嚴酷的鎮壓物件。1535年，頒佈了一項法令，凡是再洗禮教徒，即使已經公開棄絕“錯誤”，也一概處以死刑。
1540年左右，加爾文教經南方、土爾內和發隆西納而傳入尼德蘭。加爾文教組織健全，有自已的牧師，建立起教會，故發展十分迅速。
加爾文教徒日後在尼德蘭起義中形成新教徒中的決定因素。在起義的各種因素中，也許還要列入一種個人因素：查理五世畢竟是被看作本國的同胞，而菲力浦二世則是外國人。
菲力浦在他父親退位後登上王位時，以自己不擅長法語表示歉意，請格朗韋爾（也是個外國人）替他致詞，所以登基大典一開始，就證明菲力浦二世是個外國人。此時，人人皆知，尼德蘭的一個新紀元開始了。
再說，四年以後，即1559年，菲力浦便動身去西班牙。他雖然活到1598年，可是再也沒有來過尼德蘭。他的西班牙系的繼承人當中，也沒有一個人來過尼德蘭。政府被正式移交給菲力浦的妹子帕爾馬的瑪格麗特（她是個私生女）。
事實上，她的權力因樞密院（諮詢院）的存在而受到限制。樞密院實際上由法蘭斯孔太人格朗韋爾領導，此人於1561年成為梅克林大主教。這個幕後的政府，特別是在上層貴族中激起了極大的仇恨，以致國王不得不於1564年忍痛犧牲格朗韋爾。
1566年發生小麥恐慌，又因投機倒把而加劇。這就是說，民不聊生達到極點，終於演變為“破壞聖像”運動。這運動起自弗朗德勒西部鄉村工業地區，幾星期內蔓延到弗里斯蘭，逐漸變成武裝起義，加爾文派小貴族隨即參加，起了很大的作用。
由於這個第一次發生的起義是窮人反對“富人”的運動，顯然不能使上層貴族和宗教權貴捲入運動行列中去。相反，這次運動在“反對派”內部造成非常緊張的局面，以致攝政女王有可能把起義擊敗。局勢平定以後，國王突然決定，不論來自何方的任何抵抗，都要斷然制止；於是一支西班牙軍隊在阿爾瓦公爵率領下派到了尼德蘭。目標很明確：根除異端，建立專制主義。
攝政女王辭職了；特別法庭，即“戡亂委員會”建立起來了（三年之內，判處死刑的達八千人之多），隨即人頭紛紛落地，其中有埃格蒙伯爵和霍恩斯伯爵。專制主義的傾向也表現在稅收方面，開始採用什一稅－即在所有動產交易中徵收百分之十的永久稅。原來各省議會對君主要求的補助金可以給，也可以不給，這項權利直到那時為止，是對國王專制主義的唯一有效的抑制。
菲力浦就透過徵收永久稅的辦法，把阻礙他實行專制主義的最後一個障礙消除了。應該指出，結果卻適得其反：大小人物一概殘酷地被鎮壓，無一倖免；西班牙兵痞敲詐勒索；君主揚言臣民不得過問政府的事，－所有這些弊端，結果反而催促了抵抗意志在不同領域中的萌發。
奧倫治親王成為當時的抵抗領袖，他竭力招兵買馬以抗擊阿爾瓦公爵。親王的歷次抵抗，直至1572年仍沒有成功。但是在這一年，原來逃離本國的“乞丐”即新教徒，重新聚合起來，在澤蘭的小港口布裡埃爾登陸，奪取了這個港口，很快控制了荷蘭省和澤蘭省。
西班牙人再也不能重新徵服這些地方，而起義從此就象油，點似地擴散開來。奧倫治親王名為“沉默者”威廉，本是天主教徒，但對異教非常寬容。由於起義的必然趨勢以及這次起義所逐漸具有的宗教色彩，他終於改信加爾文教。在開始公開反叛時，“沉默者”的思想境界還是超過一般的反抗者，可是事件急驟發生，激起澎湃的波濤。
不論阿爾瓦公爵或是其繼任者雷凱森斯，都沒能撲滅起義。雷凱森斯突然死去，產生了政權空白階段，這就危險了，特別是因為西班牙部隊缺餉或斷餉，發生譁變，並進行搶劫。根據布拉邦特議會的倡議而召集的全國三級會議，不得不十分勉強地接管政權，儘管這樣做遠遠超出它的正常許可權之外。全國三級會議同起義的省份舉行了談判，達成了“根特協定”。
這個決定的矛頭基本上指向西班牙軍隊：規定全國三級會議將召募軍隊，並驅逐西班牙部隊。至於宗教問題，對新教徒的迫害應予停止，而在荷蘭與澤蘭，加爾文教將得到維持。可是，這兩個省份的加爾文教徒絲毫不得采取反對別省天主教徒的行動。尼德蘭因此掌握了自己的命運，乍看起來，它果真要在團結中恢復和平了。
新總督西班牙人唐璜一面同三級會議進行談判，隨即又試圖採用暴力，居心不良於此可見。三級會議遂將奧倫治親王召來布魯塞爾。親王同意三級會議指派天主教大主教馬賽厄斯皇太子擔任尼德蘭大總督，而自已退居第二位作為“助手”。這樣，一切都似乎在順利進展。然而這只是表象而已，因為在中央政權明顯削弱的情況下，分裂的萌芽（既是社會性的，又是宗教性的）正在迅速滋長。
一方面，加爾文教加緊擴大其勢力範圍，建立若干加爾文教共和國，如根特共和國。這個共和國設法要把整個弗朗德勒置於其權力之下。此外，加爾文教像西班牙天主教那樣，顯得不能容忍異端。但在另一方面，加爾文教越來越以社會反叛運動的姿態出現，主要是依靠下層階級，並致力於建立民主政府。
人們可以意料得到，這一切就足夠激起反擊了。這種反擊本質上是保守反動的，但很容易偽裝成為保衛天主教而戰。反擊的訊號是由阿多瓦、埃諾和法蘭西教派盛行的弗朗德勒等地發出的，這幾個地區於1579年1月結成阿臘斯同盟，同年，北方諸省結成烏德列支聯盟。這樣做反而有利於西班牙國王剛派來的新大總督法爾內斯。
他隨即同結成阿拉斯同盟的“不滿分子”進行談判，並作出大量的讓步，如廢除永久稅，撤出外國士兵，排除政務院中的外國人，恢復特權等，而那些省份則答應照舊服從王命，並同意廢除新教（1579年）。
這個條約（阿臘斯條約）對法爾內斯來說，其主要利益是在尼德蘭確保一個牢固的軍事基地。因此，這個條約成為以後西班牙反攻的起點。從此起義者拋棄效忠於“天然君主”（即菲力浦）的那種越來越站不住腳的虛構。
菲力浦被廢黜（不久由安茹公爵暫時繼任君主職位），而戰爭在激烈地繼續著。法爾內斯是有才幹的外交家，同時也是有才幹的軍事家，他接連得勝，把起義者趕往北方。安特衛普圍城戰於1585年結束，法爾內斯指揮的這次戰役就此圓滿結束。
安特衛普當時是尼德蘭最大的城市，有一半光景人口是新教徒。可是這時候，菲力浦二世將法爾內斯這股力量調去征討法國和英國，法爾內斯又於1592年死去，其繼任人始終未能越過那幾條大河，因此始終未能平定北方的起義。
在此時期，奧倫治親王遭到暗殺（1584年），菲力浦二世死亡（1598年），尼德蘭於是分成兩部分（起初只是事實上的分裂），北方依舊獨立，南方則重歸西班牙管轄。年深日久，終於產生了一種方向性的分歧，而且分歧愈來愈大。南北對立首先是基於宗教方面的原因。起義之前，雙方對立並不是出於宗教形式；那時南方的新教徒和北方同樣多，甚至更多，而天主教徒在現今荷蘭境內（指北方－－譯者）當時也為數眾多。
可是這種均衡，由於各種原因而遭到破壞，特別是隨著南方諸省重新被西班牙軍隊佔領，新教徒紛紛從南向北遷移之後，更是如此。從下列數字可以想見這次移民規模之大：安特衛普城守軍向法爾內斯投降以後，有百分之四十的居民離開這個城市；從另一方面看，在1611年，阿姆斯特丹的富商巨賈有一半來自南方各省。
這次移民的必然結果大大加強了北方新教的陣容，而削弱了南方的新教。這種趨勢還將因為這兩個區域內的宗教上進一步演變而得到發展。在南方，由特蘭託主教會議決定的“反宗教改革”運動得到了極其廣泛而有力的傳播。
人們不僅採取措施來剔除教會里的積弊，而且在吸收和培養新聖職人員方面小心謹慎，以便大力加強聖職人員的影響。幾乎在所有教區都建立起神學院。高階教士的權力在教會中日益增長。從此以後，主教們每四年必須去羅馬一次，陳述本教區的情況。
自1586年起，就有教廷代表駐在布魯塞爾。此外，還規定主教與堂長、堂長與教士之間定期接觸。受教規約束的教團接替了世俗教士的事業，這些教團鋒芒畢露。特別是耶穌會，自1542年起即深入尼德蘭，1564年建立一個教省，1630年擁有一千七百零四名會員和四十二個機構。他們的作用很大，對社會賢達的影響特別深刻。
聖方濟教派以面向群眾為主。聖奧古斯丁教派與耶穌會士在中等學校佔優勢。至於各級學校的教育，主要目的是要在尼德蘭恢復天主教的信仰。在最高層，原只有1425年創辦的魯文大學，1562年又成立杜埃大學，用來招引尼德蘭南部的學生（當時的尼德蘭還包括阿多瓦在內）。在最底層設定了天主教學校，以傳授教義為主。
1609年出版了《梅克林教理問答》教本。因此，在西屬尼德蘭境內，不僅新教基本上絕跡了，而且天主教的信仰及其外在表現大大發展了。從事聖職者為數極多，修道院大量興建（有二十九座屬卡爾邁勒山著履教派，八座屬奧拉土瓦教派，二十一座屬卡爾邁勒山教派修女會，還有耶穌會、聖方濟托缽僧派、聖方濟革新會等修道院已經提及，當然不計算在內）。
這一切證明宗教的盛行。談到宗教虔誠的外部標誌，可以看到正牆上掛著耶穌的塑像，農村的岔路口插著十字架。這些宗教活動的表象（特別在弗朗德勒至今仍出現這種表象），雖說不是產生於那個歷史時期，但至少在那時就有了大規模的發展，迄今還留下很多痕跡。
還應指出，當時在西屬尼德蘭居優勢的新的心理狀態，表現為宗教上的愛好華麗。這也就是在當時藝術領域中、特別是這一時期興建的許多教堂的建築中，強烈地表現出來的奇形怪狀的風格。可是也應該指出，這種宗教熱潮在十七世紀發生了極其嚴重的危機，即揚森教派危機。
揚森教派的思想在西屬尼德蘭宗教界的影響極大，在最虔誠的人士中也風行一時。後來揚森教派被連根拔除，於是十七世紀在西屬尼德蘭盛行的那股強勁的信仰熱潮，受到明顯的削弱。