1806年，拿破崙擊敗德意志民族的神聖羅馬帝國（德意志第一帝國），在拿破崙的勒令下，神聖羅馬帝國就此宣告終結。19世紀中期，德意志仍然處在嚴重的分裂之中，一共有34個獨立的聯邦和4個自由市。普魯士是後起之秀，在德意志諸邦中的實力僅次於奧地利。

1862年，普魯士國王威廉一世任命俾斯麥為普魯士首相兼外交大臣，俾斯麥堅持推行軍事改革，擴軍備戰，力主武力統一德意志。俾斯麥在議會中講話宣稱：“當代的重大問題，不是用說空話或多數派決議所能解決的，而必須用鐵和血來解決。”因此他得名“鐵血宰相”。

荷爾斯泰因是德意志人的公國（內有不少丹麥人），但在長達數個世紀以來一直依附於丹麥王國。石勒蘇益格是丹麥的一個公國，以丹麥人為主，但也有不少的德裔居民。兩公國因姻親關係非常親近，歷史上曾經合併過。1863年11月，丹麥新繼任的國王頒佈了新的憲法，取消了石荷這兩個公國的種種特權將它們併入丹麥，遭到了這兩個公國的抗議。

德意志各地輿論大譁，群情激憤，抗議的浪潮此起彼伏，德意志人的民族情緒空前高漲。俾斯麥決定抓住此良機，跨出普魯士統一德意志的第一步。

1864年1月初，俾斯麥向奧地利皇帝弗朗茨約瑟夫正式建議締結普奧聯盟，希望與奧地利一致行動。作為德意志老大哥的奧地利自然不能袖手旁觀。普奧兩邦正式簽訂盟約。普奧作為德意志兩個最重要的邦國站出來了，表示要為德意志同胞共同討說法。

1月16日，普奧雙方聯合向丹麥國王發出最後通牒，要求丹麥在48小時之內廢除十一月憲法。這在政治上是不可能，尤其因為限時太短，丹麥政府拒絕接受。2月1日，普奧聯軍越過艾德河進入石勒蘇益格，德丹戰爭開始。

丹麥人構築了一些非常堅固的防禦陣地，普奧聯軍初期進展並不順利。新任的總參謀長，時年64歲的毛奇，曾幾次提出建議未被採納，戰事受挫之後，普魯士國王終於接受了他的建議，並將軍隊指揮權交予毛奇。

毛奇策劃了一次兩棲作戰，6萬丹麥軍隊遭到了普奧聯軍的迎頭痛擊，遭致決定性的慘敗。奧普與丹麥初步議和，奧普要求丹麥國王放棄對兩個公國的所有權利，將之讓與奧地利皇帝和普魯士國王。丹麥國王不同意。

議和不成於是繼續再打，戰爭一直持續到7月12日，丹麥軍隊節節敗退。在歐洲列強的調停下，10月30日，普奧及丹麥在維也納正式簽訂合約，丹麥放棄石荷這兩個公國的一切權利，將它們讓給奧地利和普魯士。奧普兩國害怕引起列強的武裝干預，也就見好就收。經過奧普雙方協商，荷爾斯泰因歸奧地利，石勒蘇益格歸普魯士。

戰爭的勝利以及毛奇在戰爭中的作用，使總參謀長第一次成為新聞人物。1866年6月，國王頒佈命令，授予毛奇以指揮軍隊的全權，宣佈總參謀長與軍務大臣處於平級關係。從而使普魯士於1817年所首創的“總參謀部”第一次成為全軍最高的，具有實權的指揮與協調機構。在毛奇的奮爭下，自1866年總參謀部還贏得了為軍隊制定條令條例，規章制度以及下達有關命令的權利。正是從這個時候開始，總參謀部這一組織機構才真正成為現代意義上的總參謀部。