袁崇煥是薊遼督師，毛文龍是總兵，左都督。官做到了這一步，兩人不存在著從屬關係。用戲文裡面的一句話，叫做同朝為官，同殿稱臣。

古時候當官的殺一個人沒有電視劇裡面那麼簡單，即便是縣裡面處決死刑犯人，也只有縣令和知府才有權利，而且還需要堂審，證據確鑿後，交由省一級的司法機構核查，宋朝有提刑司，明朝叫做提刑按察司，清叫按察司，然後到刑部稽核，最後皇帝勾決。

雖然當時職級是文職正二品，但是他是奉旨整飭薊、遼軍務，相當於欽差大臣。也就是薊、遼所有駐軍都在他的節制之下。為了建立有效的對後金的防務體系，他必須整合整個薊、遼防務力量。

但是毛文龍長期孤懸一隅，山高皇帝遠，養成了驕兵悍將、老子天下第一的習性。根本無視他的排程和將令，如果他不採取果斷措施，他在薊、遼的工作就無法推進。在這種情況下他果斷殺死毛文龍，恢復朝廷威嚴和有效統治，是一種治軍魄力和果斷。這也就是他身為文官，能夠很快在遼東建立起一支讓敵人聞風喪膽的關寧鐵騎這樣的精銳部隊的原因之一。

如果袁崇煥不把自己的將令看得高於一切，如果袁崇煥能夠老謀深算的做足朝廷的工作，耐心的慢慢分化毛文龍下屬，如果袁崇煥仔細研究一下毛文龍在皮島的特殊性，特事特辦，就把他作為一個獨立存在，那麼就有可能不會鑄成千古憾事，遺恨千秋了。

毛文龍的部署向來認人不認組織，毛文龍死後，儘管袁崇煥盡力安撫其部署，但其所轄地區逐漸脫離大明的控制，毛文龍之子毛成路和部將孔有德、耿仲明先後反叛。皮島的牽制作用不復存在。皇太極率領沒有後顧之憂的後金約十萬精兵繞道內蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直接抵達北京城下，史稱“己巳之變”，這次事件又導致了袁崇煥被殺，大明在遼東的局面再也無可挽回。