雖然它是一種非常好的變性劑，但是具有揮發性，並且有劇毒，因此不建議使用。基於同樣原因，用乙二醛/甲醯胺對RNA變性，然後進行瓊脂糖凝膠電泳的方法也不再使用。下面介紹的是目前在Northern分析中分離變性RNA的兩種常用方法。

●用甲醛和二甲基亞碸對RNA進行預處理，在含2。2mol/L甲醛的凝膠中電泳（方法10） 。RNA在含6~ 8mol/L尿素的4%~ 12%聚丙烯醯胺凝膠中電泳（方案11） （ Summeret al。2009 ）這兩種方法分離範圍和分辨能力完全不同。

聚丙烯醯胺凝膠可以分離2~ 2000bp的RNA，能夠區分長度僅相差一個鹼基的RNA。而甲醛瓊脂糖凝膠解析度較低，但它用標準凝膠和電泳裝置可以分離更大範圍一從 200bp 至大於5萬鹼基。

除了更大的分離範圍，瓊脂糖凝膠有更大的荷載能力，並且它的孔徑可以使RNA透過被動擴散法有效轉移，這些使它們成為Northern雜交分析更常用的選擇。

除了乙二醛、甲醛和氫氧化甲基汞外，許多化合物可用作凝膠電泳中RNA的變性劑，但是在常規實驗室使用時很少被證明是可靠的。

硫氰酸胍是唯一優於甲醛的化合物， 當以10mmolL的濃度摻入瓊脂糖凝膠中時，可以使RNA保持變性的形式。電泳在標準的TBE緩衝液中進行，並且溴化乙錠可摻入凝膠。

但是很少實驗室採用這種方法，目前尚未有用硫氰酸胍替換乙二醛和甲醛的成功經驗值得推薦。