根據菠菜的生產季節，冬菠菜，春播菜，秋菠菜，施肥的方法是不盡相同。在菠菜播種之前，要充分的澆水，保持土壤溼潤，確保出苗齊，苗長勢旺，在出苗之前不再澆水，菠菜發芽至3～4葉期，這時為了防止菠菜立枯病的發生，必須控制澆水，到了菠菜生物的後期，需水和需肥的量要增大，通常情況下需要澆水追肥3次，才能夠保持土壤水分和養分的正常供應。

對於越冬的菠菜來說，栽種菠菜時一定要選擇土層深厚，土質肥沃，而且是腐殖質含量高，保水保肥效能良好的土壤，同時在施肥時要比其他季節多施有機肥。建議每畝地可以撒施腐熟的有機肥的量在5000公斤左右，過磷酸鈣25～30公斤，硫酸鉀的用量在10～15公斤左右，要求深翻地，深度在20～25釐米，這樣可以使土和肥充分的混合均勻，並保持土壤疏鬆，以促進越冬菠菜幼苗出土和根系的發育，如果基肥充足，越冬菠菜幼苗生長就會健壯，這樣才是菠菜安全越冬的關鍵。

由於越冬的菠菜在冬季的生長過程中要經過長時間的休眠，所以在對越冬的菠菜進行施肥時必須注意。在菠菜越冬之前，當菠菜的幼苗的高度有10釐米左右的時候，要根據菠菜的生長情況，進行追施一次越冬肥，這時推薦每畝地施用氮肥10～15公斤，過磷酸鈣的量在10～15公斤。一直到土壤開始結凍前基本上不再灌水和施肥，這樣可以防止菠菜幼苗出現徒長的現象。注意在越冬之前一定要澆一次封凍水，以防止冬季菠菜有死苗的現象。選擇灌水的時間，應該是以夜間結凍，白天的中午又可以化凍的時間為最佳。在封凍之前還要做好其他防禦措施，架好防風障，這樣可以改善白菜生長的小氣候條件，來保護菠菜安全的越冬，並提前返青收穫。

到了第二年的春天，當耕作層開始解凍的時候要結合澆返青水進行一次追肥，這時建議每畝地追施氮肥20～25公斤，磷鉀肥在15～20公斤，也可以用0.3%的葉面肥進行噴施。在菠菜進入了旺盛的生長期以後，應該及時的追肥，這個時節要供給充足的肥水，能夠延遲越冬菠菜的抽薹，提高菠菜產量，改善菠菜的品質。