1998年為公牛投進最後一投，收穫第六組冠軍之後，喬丹第二次宣佈退役。

在1999年1月，喬丹聲稱他99.9%確信永遠不會再打NBA比賽，

但是在受聘擔任奇才籃球運營總裁之後，他還是會忍不住手癢想再次回到球場。

2001年夏天，喬丹開始恢復高強度訓練。他還聘用了在公牛時期曾經執教過他的主教練道格科林斯，作為下個賽季奇才的主教練。

2001年9月25日，喬丹宣佈重返NBA，他將穿上奇才的23號球衣。

喬丹在採訪中提出，幾天前發生的911事件促使他做出了復出的決定。他也將這賽季拿到了100萬老將底薪全部捐獻給了911事件的受害者。在2001至02賽季，

38歲的喬丹場均拿下全隊最高地22.6分外加5.7籃板，5.2助攻以及1.4次搶斷。

但是因為右膝軟骨撕裂，只打了60場比賽，最後七場還都是替補出戰。

60場也是喬丹首次退役復出以來出場最少的賽季，2002至03賽季，喬丹再次為奇才出戰，卡特的謙讓，使得喬丹以首發身份出戰2003年的全明星。

他也用那記極限後仰跳投給全明星生涯畫上了圓滿的句號。

當瑪麗婭-凱莉唱出那首hero的時候，喬丹接過話筒說出了那句名言。我從前輩們手中接過籃球運動的火炬，現在是時候把火炬傳遞出去了。

在喬丹效力奇才的第二個賽季，他是唯一打滿了82場的奇才球員，不過開局階段依然是替補登場。

這一年他場均得到20分，6.1籃板和3.8次助攻，他的投籃命中率達到45%，罰球命中率是82%。

這個賽季他有33次得分超過20分，6次得分超過30分以及三次得分超過40分。其中在2003年2月22日對籃網的比賽拿下了43分。創造了歷史最早40分記錄。

當時的喬丹已經是40歲零4天的老將了，2003年4月17日，

喬丹在費城出戰了自己最後一場NBA比賽，在第三節，他坐上板凳席，全場球迷高喊，我們要邁克爾。

第四節，在教練的鼓勵下，喬丹重新登場，最後1分45秒，全場21257名球迷一起起立鼓掌了三分鐘，感謝這位籃球之神的偉大生涯。