故事發生在清朝同治年間，南昌府南部二十里處的大寨村裡有一個叫雲仲鶴的老藥農，此人天賦異稟，精通各種藥性，醫術比當地所有的郎中還要高上一籌，人們遇到什麼疑難雜症都喜歡找雲老漢幫忙。

雲老漢心地善良，對每一個前來求醫問藥的人都會認真診治，還常常會自掏腰包幫助付不起診費和藥費的病人，在當地善名一片。

有一天深夜，正在熟睡中的雲老漢突然被一陣急促的敲門聲驚醒，開門一看村東頭的王寡婦正抱著她昏迷不醒的兒子痛哭不止。

雲老漢立馬從王寡婦手中接過孩子，把過脈後深深皺起了眉頭，王寡婦見他這副神情，立馬跪在雲老漢的面前，求他救救自己的兒子。

雲老漢問王寡婦，這孩子是不是去過山上，王寡婦瘋狂點頭，告訴雲老漢，晚上吃飯的時候兒子沒回來，她就到山上找，結果在山頂找到了睡著的兒子，她揹著兒子回到家中，卻發現兒子怎麼都叫不醒，這才來找雲老漢。

雲老漢聽後長嘆一聲，言明這孩子是中毒了，需要山根作為解藥，這會他先配點其他藥物壓制毒性，明天一大早他就上山採藥，王寡婦聽後連忙跪地謝恩。

第二天天一亮，雲老漢就揹著藥藍走到村外的山上，憑藉著豐富的經驗，他很快就找到了山根，正當他伸手去拔那株山根的時候，卻突然猶豫起來。

一個艱難的選擇擺在雲老漢的面前，若是不拔山根，王寡婦的兒子就會命喪黃泉，若是拔出山根，山裡的那位就會被放出來。

最終，雲老漢還是覺得人命重要，一狠心一咬牙，就把山根拔了下來，裝進藥藍中往山下跑去，一路上漸漸加快速度，很快空氣中就出現了殘影。

到家中後，雲老漢將山根搗碎，兌水給王寡婦的兒子喝下，沒多久王寡婦的兒子漸漸睜開了眼睛，王寡婦見狀連忙給雲老漢磕頭謝恩。

這時，山上突然傳來一陣巨響，村民們紛紛跑出屋子，只見外面地動山搖，恢復平靜後，人們發現山崖裂開了一道五丈長的口子，正當人們議論紛紛的時候，眼尖的人發現有一個東西正在從口子中往外爬。

那東西腦袋渾圓，四肢短小，背上有甲，體型如牛，竟然是一隻巨龜，雲老漢看著這隻巨龜，長嘆一聲說道：“該來的還是來了！”

話音剛落，雲老漢就抬腿向山上跑去，沒多久就來到巨龜面前，巨龜見到雲老漢後口吐人言：“老朋友，好久不見。”

雲老漢譏笑一聲問道：“是你在那孩子身上做的手腳吧？”巨龜聽後邪魅一笑，緩緩地點了點頭。

雲老漢怒髮衝冠，直接現出搖身一變變成一條巨蛇，朝著巨龜衝去，一龜一蛇打得如火如荼不可開交，山上的很多植被都遭了殃。

沒多久，雙方都變得奄奄一息，躺在地上望著天空不停喘息，就像很多年前一樣，很多年前，剛剛修成人形的一蛇一龜一同拜在一個龍虎山高人的座下。

出師前，他們的師父給他們算了一卦，言明二人必有一場生死之爭，二人約定好，一定要讓這場爭鬥來得晚一點。

下山後，雲老漢到處行俠仗義，而巨龜卻到處惹是生非，為了不讓他造成更大的禍端，雲老漢直接將他封印在山中，被封印前，巨龜放出狠話，自己出山之日，就是二人對決之時。

之前王寡婦抱著兒子來求醫的時候，雲老漢一眼就看出來，王寡婦的兒子中的是巨龜之毒，在人命和對決之間他選擇了後者，這才有了剛才那一幕。

這時，巨龜率先恢復元氣，朝著巨蛇咬來，正當巨蛇被咬得奄奄一息的時候，扛著鋤頭的村民們紛紛趕來，朝著巨龜攻擊起來，巨龜譏笑一聲將村民們打得東倒西歪。

眼見村民們紛紛受傷，巨蛇狂性大發，直接將巨龜打得灰飛煙滅，雲老漢恢復原形，坐在原地喘息不已。從此，村子裡漸漸恢復了平靜，村民們也沒有碰到什麼奇怪的事。