曼哈頓圖，學名 Manhattan plot，是全基因組關聯分析的標配，可以展示所有染色體上的不同位置的 SNP 的顯著水平，因酷似曼哈頓的海邊景色（高樓林立的）所以稱為曼哈頓圖。

本質上，曼哈頓圖是以 SNP 在基因組上的座標/位置為 X 軸，以顯著水平（通常是-log(P)）為 Y 軸的散點圖，所以理論上說所有能做散點圖的工具都能畫曼哈頓圖。

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