伊斯蘭創教初期的兩大阿拉伯勢力：倭馬亞家族和雜湊姆家族為奪權爆發內訌，使得伊斯蘭教分裂為倭馬亞主導的遜尼派和雜湊姆主導的什葉派。倭馬亞家族憑藉強大的軍事和經濟實力戰勝了雜湊姆家族，建立倭馬亞王朝。
按照一般規律來說，既然倭馬亞家族已經建立了王朝，兩派在意識形態上又沒有分歧，那麼什葉派應該就此消亡才對，但事實並非如此。
仔細想一下也不奇怪，雜湊姆殘餘勢力在，那麼什葉派就有存在下去的理由。但奇怪的是，倭馬亞王朝在建立一百多年後滅亡了，雜湊姆家族的旁支建立了阿拔斯王朝（阿拉伯帝國的第二王朝）。
按理來說，阿拔斯王朝會讓什葉派翻身才是，但現實卻充滿離奇——因為沒過多久，什葉派和阿拔斯王朝翻臉，而阿拔斯王朝歸順了遜尼派。
這樣的反轉真的讓人大跌眼鏡，畢竟，什葉派與遜尼派決裂，是因為什葉派認為雜湊姆家族的阿里才是正統哈里發。如今，哈里發已回到雜湊姆家族手中，那麼什葉派沒道理和雜湊姆翻臉。
什葉派的解釋是：只有阿里的後代才是合法的哈里發繼承人，而阿里是先知穆罕默德的侄兒兼女婿是直系後裔，而阿拔斯王室雖出自先知一系的雜湊姆家族，但其祖先是穆罕默德的叔父，因此阿拔斯王室不具有繼承資格。
這樣的解釋過於牽強，畢竟阿里已去世100餘年，更重要的是阿里的直系後裔早已被倭馬亞王朝斬盡殺絕。如今，阿拔斯王室已掌握了政治大權，而阿里後裔已被滅絕，阿拔斯王室也是雜湊姆家族的血脈，繼承哈里發也是合理的。
但什葉派堅決不認同。什葉派搬出在與倭馬亞抗爭時出現的“隱遁伊瑪目”理論，認為最後一位伊瑪目也就是阿里系嫡傳領袖並未死去，只是被真主放在不被人知道的地方，未來會重新出現，建立正義和太平的世界，因此，哈里發的位置應該留給這個隱者。
什葉派用這個理由來否定阿拔斯王室的統治合法性，因此，阿拔斯自然與什葉派翻臉。
而什葉派成為了當權者打壓的物件——阿拔斯王朝後的塞爾柱帝國、伊爾汗國以及奧斯曼土耳其帝國都選擇加入遜尼派，並打壓什葉派。
在地緣結構上，中西亞的伊斯蘭核心區分為小亞細亞半島、阿拉伯高原、兩河流域、迦南地區、伊朗高原、圖蘭低地等板塊，各板塊之間實力相差無幾，沒有一個強大的核心板塊壓制四方。
就拿伊斯蘭世界的中心也是最富裕的地區——兩河流域來說。兩河流域因地緣區位天然的成為各伊斯蘭帝國的本部核心區。不過，兩河流域體量有限，其地緣影響力不足以輻射中西亞、北非等地。任何一個政權都無法以此為根基掌控伊斯蘭。既然兩河流域板塊都無法肩負起這個大任，更何談其他板塊了。
雖然中西亞內部地緣結構較為分裂，但它地處亞歐大陸中心，是東西方交流的心臟。由此，只要東西商路暢通，中西亞沿線各板塊就會有豐厚的收益。而商路暢通的基本條件是政治上的統一，因此，商業使得伊斯蘭將中西亞各地緣板塊整合在一起。
不過，這樣的整合也有缺陷。各邊緣板塊是因為貿易利益的驅使才在政治上形成統一的，並不是因為某個伊斯蘭帝國的強大實力。換言之，伊斯蘭的統一是中西亞各地緣板塊主動合作形成的，而非中央的強勢壓制。
東西方貿易的巨大利益，讓各板塊願意整合，但貿易的收益並不是全部，比如，以原有農牧業為生的地區並不會因伊斯蘭世界的大一統而得到好處，反而多了一個主子，因此，他們對維繫中西亞大一統並無好感。
當然，若中央政府足夠強大，地方勢力自然會屈服，然而兩河流域的實力並不足夠強大，這就給了反對派一定的生存空間。伊朗高原，在中亞的圖蘭低地，一些邊緣地區受東西貿易的影響較為有限，因此不願被伊斯蘭中央政府統治。雖然他們的實力不足以顛覆中央政府，但能自成一派，不聽中央號令。
既然政治上反對派抗拒中央，那麼在意識形態方面自然也要與中央不同。
那麼在倭馬亞王朝時期，什葉派就成為邊緣勢力的教派，而哈西姆也有著反對馬亞王朝的政治訴求，自然就與這些邊緣勢力一拍即合。但當倭馬亞王朝滅亡，雜湊姆家族上位後，情況又有不同了。
哈西姆雖與邊緣勢力合作，但目標並不一致。雜湊姆家族反對的是倭馬亞王朝本身，希望取代倭馬亞家族，成為新的統治者；而邊緣勢力是反對阿拉伯帝國統一，他們希望得到政治獨立。
鑑於倭馬亞王朝是伊斯蘭世界的統治者，因此，邊緣勢力和雜湊姆家族利益是一致的。而當雜湊姆建立了阿拔斯王朝後，哈西姆家族的目標變為維護阿拉伯帝國的統一，因此，哈西姆與邊緣勢力之間的利益就不一致了，自然二者就無法繼續合作。邊緣勢力在意識形態上重提隱遁伊瑪目，否認阿拔斯王朝的統治合法性；而阿拔斯王朝則轉奉遜尼派，打壓什葉派和邊緣勢力。
因此，什葉派和遜尼派的對立，是主張統一的伊斯蘭中央政府和追尋獨立的邊緣勢力之間的矛盾；同時也是中西亞各地緣勢力之間的政治博弈在宗教文化上的對映。
統一伊斯蘭世界的政治勢力都選擇了受大多數穆斯林認可的主流教派——遜尼派，因為只有這樣才能獲得伊斯蘭世界的普世認同，才能更好的維護自己的統治。
這樣一來，什葉派的發展以及影響力就十分微小了。但在16世紀，局面發生較大的變化，伊朗的薩法維帝國將什葉派奉為了國教。這就給什葉派帶來了發展的空間，讓其實力逐漸發展起來，足以和遜尼派抗爭。