一。 永曆政權企圖收編紹武政權：
1．永曆政權向紹武政權派出使者：
朱由榔稱帝正式建立南明永曆政權後，與朱聿鐭建立的南明紹武政權水火不相容，互相攻伐。永曆帝朱由榔雖然對朱聿鐭建立的紹武政權大驚大怒，但是想著大家都是明朝宗室，大家都是明朝最後的香火和希望，最好還是以和為貴。如果能夠不戰而屈人之兵，直接收編了紹武政權，那就是最好不過了。
2。 紹武政權斬了永曆政權的使者：
永曆帝朱由榔稱帝后，遂立刻派遣兵科給事中彭耀、兵部主事陳嘉謨兩員大臣前往廣州。命兵科給事中彭耀、兵部主事陳嘉謨以藩王禮節，拜見朱聿鐭，規勸朱聿鐭取消帝號，尊朱由榔為帝。
都說兩國交戰，不斬來使。何況無論是永曆政權還是紹武政權，都同屬於南明，都是同為明朝宗室。於是永曆政權的兵科給事中彭耀、兵部主事陳嘉謨兩員大臣，就放放心心的出使廣州了。
然而紹武政權的首席大學士蘇觀生得知後卻大怒，立刻毫不猶豫的斬殺了永曆政權的彭耀、陳嘉謨這兩員來使大臣。這還不夠，紹武政權的首席大學士蘇觀生還下令陳際泰督師攻打永曆政權的臨時都城肇慶。
二。 南明內戰：永曆政權VS紹武政權：
1。 南明內戰打起：
紹武政權的態度如此強硬、手段如此狠辣，這完全出乎了永曆政權的意料。永曆政權見調解、和談無望，還引來了紹武政權的兵馬來攻。於是永曆政權也迅速著手調兵遣將，以廣東學道林佳鼎為兵部右侍郎總督軍務，夏四敷任監軍，會同從韶州調來的武靖伯李明忠帶領一萬多名士卒迎擊。
南明本已經四分五裂，真是抗擊清軍不行，打內戰卻尤為英勇、果斷、狠辣。公元1646年（南明隆武二年、清朝順治三年）十一月二十九日， 南明永曆政權和紹武政權兩大派系的內戰正式爆發。
2。初戰，紹武政權大敗：
永曆政權和紹武政權雙方的交戰地點，在廣東廣州府三水縣城西。兩軍始一交戰，紹武政權這邊的主帥陳際泰就已經嚇得臨陣脫逃，結果紹武政權的軍隊大敗。
3。再戰，換成永曆政權大敗：
然而永曆政權兵部侍郎加總督林佳鼎，卻因為初戰告捷，躊躇滿志，結果犯了輕敵冒進的錯誤。林佳鼎命令永曆政權士卒晝夜行軍，直奔廣州，企圖一鼓作氣攻克紹武政權的都城廣州、一舉掃滅紹武政權。
紹武政權方面先是派出其同族總兵林察，進行偽降，誘兵深入之計；再而指使石壁、馬玄生、徐貴相、鄭廷球四姓海盜，繼續偽降，放鬆永曆政權警惕性；果然，永曆政權兵部侍郎加總督林佳鼎輕信寡謀，陷入重重包圍，部隊也陷入了三尺多深的泥淖。結果永曆政權一敗塗地，士卒溺死無數，林佳鼎也同樣溺死。永曆政權部下兵員幾乎全軍覆沒，永曆政權大敗，紹武軍大獲全勝。
三。 紹武政權被清軍滅亡：
1。清軍兵臨紹武政權都城廣州：
正當永曆政權和紹武政權相互激戰、永曆帝和紹武帝自相殘殺之時，清朝總兵、兩廣總督佟養甲和兩廣提督李成棟等率領的清兵卻已經悄悄攻取了廣東粵東地區重鎮潮州、珠三角地區重鎮惠州。當清軍已經兵臨紹武政權都城廣州城附近之時，紹武政權紹武帝朱聿鐭居然還一無所知。
2。清軍攻克紹武政權都城廣州：
公元1646年（南明隆武二年、清朝順治三年）十二月十五日，清朝兩廣提督李成棟精選清兵300人，令前鋒軍悉用紅帕裹首，偽裝廣州援兵狀，以惠潮道印為文書欺騙南明守軍而入。又派10餘人內應混入廣州城，內應脫去頭上的偽裝，露出辮子，揮刀大呼“大清軍隊到了”，致使廣州便滿城奔潰，緊接著大隊清兵從東門衝入。
紹武政權首席大學士蘇觀生急令關閉城門，調兵作戰。然而紹武政權的精兵都派往肇慶方面去和永曆政權作戰了，一時之間哪裡還調得回來，廣州隨即陷落。蘇觀生寫下“大明忠臣義固當死”八個大字後，自縊死亡。
3。紹武帝朱聿鐭被清軍俘虜：
清軍攻陷紹武政權都城廣州城，紹武帝朱聿鐭見紹武政權已然大勢已去，無力迴天。無奈之下，紹武帝朱聿鐭匆忙拖了一條被子混在乞丐當中，打算爬城牆逃走，逃走之後再想如何東山再起。
紹武帝朱聿鐭的運氣一向都很好，先是搶先永曆帝朱由榔稱帝成功，後又輕而易舉打贏了永曆政權。然而這回紹武帝朱聿鐭的運氣，卻一點也不好了。先是都城廣州輕而易舉的被清軍攻克，在偽裝成乞丐逃跑的時候，被清軍追騎趕上抓獲，囚於東察院。
4。 紹武政權的藩王大多被屠殺：
見到紹武政權已經大勢已去，南明紹武政權的主要官員紛紛向清軍投降。如兵部尚書兼建極殿大學士何吾騶、禮部侍郎王應華、廣東布政使顧元鏡等大臣。
但是紹武政權的諸位藩王就沒有那麼好的運氣了，連被俘虜囚禁的待遇都享受不到。清軍對廣州內的二十四個明朝藩王就沒有那麼客氣了，大都採取了就地屠殺。擒獲的紹武政權諸王、世子，僅僅只有十三人而已。
5。紹武帝朱聿鐭自縊殉國，南明紹武政權滅亡：
清軍兩廣提督李成棟對被俘虜的紹武帝朱聿鐭還算客氣，派人送來了飲食。但是紹武帝朱聿鐭卻很有骨氣，拒絕說：“我如果喝你的一勺子水，有什麼面目見先人於地下呢！”遂後紹武帝朱聿鐭就自縊而殉國了，南明紹武政權滅亡。
四。永曆帝朱由榔笑到最後，獨掌南明：
清軍攻陷南明紹武政權都城廣州，紹武帝朱聿鐭自縊殉國。這標誌著紹武帝朱聿鐭結束了其四十日的皇帝生涯，標誌著結束了其對紹武政權的統治。
也標誌著南明現在只剩下了一個政權，那就是永曆政權。標誌著南明現在只有唯一的一個皇帝了，那就是永曆帝朱由榔。廣東也結束了，歷史上難得一見的“兩帝並立於廣東”的神奇局面。因而永曆帝朱由榔才是笑到最後的那個人，自此，永曆帝朱由榔獨掌南明。