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中國古代從很久以前就開始設定市舶司機構負責管轄海外貿易，漢代時期出現了“海上絲綢之路”，根據《漢書。地理志》記載，當時為了獲取海外珍寶，漢武帝派出一支船隊出海開闢航線，中外海上貿易自此正式開始。
隋唐時期中國的經濟文化發展到了一個新的高峰，海上貿易有了更大的擴充套件，出現了一批對外貿易港口，如廣州，交州，揚州，明州被稱為唐代四大貿易港口，市舶司也在唐代時期正式出現，主要是用來檢查出入港口的貿易船隻，徵收關稅，收購政府所需專賣品，管理進出口貿易以及其他各種對外事務的機構。
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宋元時期，商品經濟發展的更加繁榮，造船和航海技術相比前代更加先進，宋代由於未能完成國家一統，再加上後期又被異族驅趕到了南方，因此特別鼓勵海外貿易，希望藉助海上貿易的發展得到更多的稅收收入，宋神宗認為以前五代十國時期閩越國和南漢割據浙江兩廣就是依靠的海外貿易。
>“東南利國之大，舶商亦居其一焉。昔錢、劉竊據浙、廣，內足自富，外足抗中國（中原王朝）者，亦由籠絡海商得術也。”因此他就希望現在宋朝也能夠透過海外貿易賺取大量的利潤，“市舶之利最厚，若錯置合宜，所得動以百萬計”
“市舶之利，頗助國用，宜循舊法，以招徠遠人，阜通貨賄。”
可見宋朝時期就透過海外貿易得到了大量財政收入彌補了宋代經費上的不足。元代時期統治者發展海貿則是為了滿足上層貴族對於奢侈品的需求，因此不僅私人貿易有極大的發展，官方對於通商海外也十分積極，並且還推行了由官方出錢出人委託民間商人經營的一種“官本船”的新貿易模式，這一時期中國的海外貿易達到了的封建社會的鼎盛期。
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明代時期市舶司制度在前代的基礎上進入了一個新的階段。由於元代海貿的發達，外加管理上的寬鬆，使得大量的倭寇和海盜出現在中國沿海地區，對中國沿海大肆劫掠，因此明太祖設立市舶司的目的不僅僅在於管理海外貿易，同時也有配合推行“海禁”政策推行，抑制奸商和海盜的考慮在其中。
>“通夷情、抑奸商，碑法禁有所施，因以消其釁隙也”
於是在吳元年朱元璋設定了太倉黃渡市舶提舉司，俗稱為“六國碼頭”，後來在洪武二年把這處市舶提舉司給取消了。
關於罷設的原因，按照《萬曆野獲編》的記載是因為“海夷狡詐無常，迫近京師，或行窺伺，遂罷不設”。
意思是太倉黃渡這處市舶司由於臨近京師，外來貿易的海上蠻夷就經常窺伺南京城的虛實，所以被罷除不設定了。
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但是按照《明實錄》的記載，似乎是為了加強對於海外貿易的控制，所以讓海商直接到京城，不必經過太倉黃渡市舶司的中轉，以免產生一些不必要的麻煩，“罷太倉黃渡市舶司，凡番舶至太倉者，令軍衛有司同封籍其數，送赴京師”，後來隨著朝貢國家的逐漸增多，海貿規模不斷擴大，於是又在寧波，廣州，泉州等地重新設定市舶司。
寧波市舶司負責日本貿易，泉州負責琉球國的貿易，廣州則負責西方各國的貿易，然而好景不長，由於倭寇頻繁的侵擾以及番商冒充貢使詐騙之類的行為讓海貿和朝貢不能穩定的開展，於是在洪武七年再次將三個市舶司停罷。
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永樂時期，明成祖朱棣一改太祖時期對外保守的策略，對外主動出擊，打擊蒙元殘餘勢力，派出鄭和六下西洋出使國外，招徠海外各國入貢貿易，並重新恢復了寧波、泉州、廣州三個市舶司。
又考慮到各國來使日益增多，為了便於管理在三處市舶司又另設館驛招待外來客商，分別是來遠驛，懷遠驛和安遠驛。但朱棣遠遠不滿足於現狀，在太祖時期市舶司的基礎上，朱棣進一步開放了更多的地區允許番商入貢，在永樂六年平定的安南地區，朱棣也新設定了一個交趾市舶司，之後又在雲南設定了順化和新平兩個市舶司，用來接待在西南邊疆附近的各個國家。後來由於明朝在安南地區的統治不穩固，交趾市舶司被廢棄。
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市舶司作為明代官方控制管理海外貿易的機構，雖然名稱和前朝相比沒有改變，但實際上的職能已經有了巨大的不同，具體來說明代市舶司的職能有“掌海外諸番朝貢、市易之事，辨其使人表文勘合之真偽，禁通番，徵私貨，平交易，閒其出入而慎谷之。”
歸納總結一下就是四項職能。
其一是辨明堪合真偽
其二是禁止沿海居民下海通番
其三就是針對外來私人貿易的貨物進行徵稅，其四就是保證貨物的公平交易。
我們先來說說什麼是“堪合”。
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明初時期，由於朝貢貿易的利潤巨大，不少番商就假冒貢使前往大明，而藩屬國也有從私人海貿中收穫利潤收入，因此不加制止反而頻繁派遣使者前往大明，從官方私人兩個渠道賺取了大量錢財。為了避免藩屬國密集的派遣貢使前往大明騙錢和私人番商屢屢冒充貢使的情況發生，因此明太祖就在洪武十六年敕諭禮部，向各個前來朝貢的藩屬國頒發堪合文簿，這便是“堪合”制度的由來。
>“以海外諸國進貢，資訊真偽難辨，遂命禮部置勘合文簿發諸國，往來俱布政司憑信稽考，以杜奸詐之弊。”
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明代的堪合是官府執行公務，公文行移的一種證明檔案，用於海貿的堪合就是明朝政府頒發給藩屬國的檔案，這樣在朝貢時貢使就能夠證明自己的身份，和民間的私人海船做出區分。
這種證明檔案一式兩份，一部分為堪合，一部分為底簿，禮部儲存一部分，各地有市舶司的布政司儲存一部分，另外一部分頒發給藩屬國，每逢改元就要以舊換新，同時各國入貢時要在上面寫明貢使名字，貢物數量等等。
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按照規定，朝貢船隻進入港口以後，市舶司相關官員會檢查堪合真偽，之後再到北京和禮部的堪合及底簿存檔進行核對，之後再檢查貨物。
>“我朝互市，立市舶提舉司以主諸番入貢。舊制應入貢番，先給與符簿。凡及至，三司與合符，視其表文方物無偽，乃津送入京。”
檢查貨物完成以後，市舶司要派人封鎖船艙和貨物，避免貢物外洩，然後將貨物運送前往“進貢廠”這個市舶司專門修建來存放貢物的倉庫，在地方官的監督下卸下貨物以後將貢物登記造冊然後封閉倉庫。
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藩屬國朝貢自然不可能兩手空空就返回自己的國家，在朝貢過程中貢使會夾帶大量的“私貨”，將這些貨物用於民間貿易賺取利潤，所以“入貢”即“通商”這是一個事實，而非有人說的明代朝貢就僅僅只是朝貢，並沒有開展貿易。
>“貢舶與市舶一事也。凡外夷貢者，我朝皆設市舶司以領之。許帶方物，官設牙行，與民貿易，謂之互市。是有貢舶，即有互市，非入貢，不許互市矣。”
到了明朝中後期，實際上海禁政策已經逐漸放鬆，徒有虛名，在“海禁”的禁令之下，民間對外貿易卻逐漸的繁榮和興盛。
市舶司第三個重要的職能就是對進出口貿易的貨物徵稅，明初自不必說，對於朝貢國家夾帶的貿易私貨，市舶司都是有權徵稅的，然而民間私人貿易就不在市舶司管轄範圍之內了。
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明代中後期隨著朝貢貿易的減少，私人貿易的大規模崛起，海貿的大量利潤也引得地方官和管理市舶司的太監們眼饞，他們紛紛以市舶司只能管轄“朝貢貿易”為理由，希望將民間私人海外貿易的徵稅權攫為己手，
>“市舶與商舶二事也，貢舶為王法所許，司於市舶，貿易之公也；海商為王法所不許，不司於市舶，貿易之私也。”
導致後期急劇擴張的私人海貿相當長一段時間沒有被市舶司納入管理範圍之中，反而是地方政府吃到了這個大蛋糕。
不過後來開放“海禁”以後，市舶司還是逐漸奪回了對於海上貿易的徵稅權，並且出現了不少經濟繁榮的對外貿易港口。
市舶司制度在明代後期其經濟職能終於得以迴歸，對於民間海外貿易起了很大的促進作用，而民間貿易的發展，又讓明代的社會經濟出現了新的積極因素，推動著明代商品經濟的發展。