自大明朝成立，明朝一直對元餘殘部進行打壓動作，以防元朝捲土重來。朱棣成為皇帝以來，天子守國門，帝國重心一直北壓，持續對蒙古進行打壓。

明王朝的建立，並沒有殺死當時的元惠宗，元惠宗順利逃亡，後來身死之後也順利傳位給昭宗，所以從一定意義上來講，明王朝並沒有完全的顛覆元王朝，元王朝更是把漠北草原作為根據地，繼續與明朝對峙，歷史上習慣稱之為北元與明朝的對抗。回顧這些年的兩國對抗，評價北元與明朝誰“更佔優勢”，並不能以一句話來概括。因為在對抗期間，雙方的實力強弱不盡相同，戰爭也是各有勝負，始終是在一種比較穩定的情況下互相對峙，各自的優勢也在互相轉換著。

明太祖、明成祖在位時期，明王朝憑藉著其一往無前的高昂鬥志，在太原、慶陽、捕魚兒海等會戰中，連續給予北元軍隊以毀滅性打擊，東北的蒙元實力也被迫投降。後來，北元漢廷權力衰敗、內部分裂，在位的明成祖又藉著這個契機發動了大規模的五次北伐，完全的遏制了北元軍事的發展，這個階段，明朝有著巨大的優勢。軍事對抗本來就是很容易發生改變的，明英宗在位時期，明蒙軍事對抗態勢因為爆發出的明軍全軍覆沒於土木堡一役而完全逆轉，縱然明軍在隨後對瓦剌也先入侵而爆發的北京保衛戰取得了勝利，單頁失去了對整個戰爭局勢的主動權。當毛裡孩、孛羅忽、滿都魯汗、癿加思蘭等北元各部侵入河套，並佔據其間後，這些所謂的“套寇”，明王朝也無可奈何，並連年擄掠、襲擊明朝北部邊境，在明憲宗、明孝宗時期的史料上，雖然記載了很多明軍邊將擊敗蒙古各部入侵的事件，但這樣的官修史籍同樣記載，沒有“報喜不報憂”，也有一個得到考證的史料，明軍無力驅趕北元汗廷下屬盤踞河套、山西北部一帶的各部武裝，並而且多次在受到蒙軍攻擊後，才整軍出擊。

在這一階段，可以說明軍原有的軍事優勢已經蕩然無存，雙方軍事鬥爭的結果明顯，基本可以說是分不清上下。在明武宗、明世宗在位時期，達延汗的重新統一蒙古各部，情況得到中興。而且尤其是在明世宗嘉靖年間，以吉囊、俺答兄弟為首的蒙古右翼諸首領，他們為回覆明王朝與蒙古各部的貿易，選擇以武力來達到目的，多次派大軍深入明鏡，好幾次明軍被打的潰敗，最後更是直接打到世宗所居住處理朝政的北京城，當時還爆發了震驚全國的“庚戍之變”，明朝最終迫使與其通商。看這一階段，北元—蒙古軍方面佔著很大很大的優勢。

等到明朝末期，明朝與蒙古軍的衝突，大多是爆發在察哈爾部，當時由東北的北元大汗直屬，明軍大多時候採用防守策略，但最後也基本剋制住了土蠻（圖門汗）、林丹汗等南下的勢頭，後來明廷轉而扶持林丹汗的北元勢力來對抗建州女真努爾哈赤的崛起，也就是說，這也宣告了明蒙之間延續了多年的南北戰爭的結束。