消滅南燕，平定盧循之亂，解決了劉毅之後，劉裕為了能夠放心的對外用兵，在內部又相繼處理了兩個人∶諸葛長民和司馬休之。諸葛長民是推翻桓玄的元老級功臣，劉裕親自帶兵去江陵對付劉毅的時候，把建康交給了諸葛長民來鎮守。

劉裕把建康託付給了諸葛長民，不過這諸葛長民卻是個驕奢淫逸的主兒。劉裕走後，建康由自己說了算，諸葛長民就開始大肆壓榨百姓，蒐羅美女供自己享用，老百姓們苦不堪言。

壞事幹多了，心裡就容易有鬼，再加上劉毅被殺的訊息傳來，諸葛長民內心更加不安，對親信說∶“往年殺彭越，今年殺韓信，看來我也要大禍臨頭了。”

彭越和韓信是幫劉邦打天下的，後來都被殺害了，諸葛長民引用這個例子，暗示劉裕在大殺功臣，自己是被迫自衛。

諸葛長民這個比喻顯然不太恰當。劉裕目前只殺了劉毅，而且是在劉毅有明顯反叛跡象的情況下行動的，並沒有大殺功臣，諸葛長民是因為壞事幹多了怕劉裕怪罪，因此想先下手為強而已。

打定主意之後，諸葛長民暗中開始謀劃，準備起兵對付劉裕，他先是試探重臣劉穆之；“有人說太尉（指劉裕）和我有矛盾，這是什麼情況？”

劉穆之和諸葛長民都受劉裕重託，負責鎮守建康，突然聽到諸葛長民來了這麼一句，劉穆之嚇了一跳，安慰他說∶“劉裕把家人都託付給你諸葛長民了，哪有什麼矛盾？”

聽劉穆之這麼一說，諸葛長民又猶豫了，目前看來，劉裕對自己的確還不錯。

諸葛長民有個弟弟叫諸葛黎民，這傢伙是個不怕事大的人，勸諸葛長民趁劉裕沒回來，立即動手。

雖然弟弟勸自己早點動手，但是諸葛長民始終在猶豫，左思右想之後說∶“以前窮的時候想做個富貴之人，但是富貴常常伴隨著危機，現在我就算想當個平民也當不了了！”

然而劉裕耳目眾多，他很快知道了諸葛長民準備叛亂的事情。如果讓諸葛長民的計劃成功，東晉恐怕又會爆發一場內戰，造成巨大的損失，劉裕不想釀成大禍，決定迅速解決諸葛長民。

於是在諸葛長民還矇在鼓裡的時候，劉裕突然返回了建康，出現在了自己的府中。

諸葛長民得知劉裕突然回來了，大為驚訝，出於禮節，他不得不去劉裕的府邸拜見。

劉裕料到諸葛長民一定會來拜見自己，事先安排了一個叫丁昨的大力士藏在府裡，諸葛長民來了之後，劉裕很熱情地接待了他，二人聊起以前的故事，聊得很盡興，諸葛長民逐漸放鬆了警惕。

這時劉裕打了一個暗號，埋伏已久的大力士丁昨衝了出來，對著諸葛長民就是一頓拳打腳踢，很快就把諸葛長民給打死了。

接著劉裕又下令殺死了諸葛黎民，化解了一場內亂。

司馬休之是繼劉毅之後擔任荊州刺史的，他是司馬皇室中比較有能力的一位，在荊州頗得人心，勢力一天比一天強大，這引起了劉裕的警覺。

荊州和建康共享長江之險，古代走水路比走陸路要快，從荊州坐船順流而下，可以迅速抵達建康，東晉歷史上有過多次荊州大將舉兵威脅建康的先例，劉裕自然知道荊州的重要性。他決定先敲打一下司馬休之。

當時司馬休之的侄子司馬文思留在建康，這個司馬文思喜歡舞刀弄劍，經常聚集一些俠客，劉裕就以這個為理由，把司馬文思抓了起來。

抓了司馬文思之後，劉裕自己沒有直接處罰他，而是派人把司馬文思押送到了荊州，交給司馬休之處理。

這其實就是給司馬休之一個下馬威，一種警告。

司馬休之的反應很快，他立即向朝廷上書，請求廢除司馬文思的譙王名號，並寫信給劉裕表示感謝，表現得很聽話。

不過這種聽話只是表面的，司馬休之作為當時司馬皇室裡的佼佼者，面對劉裕的日益做大，他當然不會坐視劉裕顛覆司馬家的江山，司馬休之暗中依然在積蓄力量，準備對劉裕發起攻擊。

司馬休之的舉動沒有逃過劉裕的眼線，既然敲打沒有起作用，那就只好真打了。

公元415年，劉裕把司馬休之留在建康的兒子和侄子抓了起來，賜死獄中，然後帶兵去討伐司馬休之。

前文裡我們曾經提到雍州刺史魯宗之，這個人和劉裕關係不好，這次一看劉裕來打司馬休之，他就和司馬休之結成了同盟。魯宗之和兒子魯軌一起帶兵來到了江陵（今天的湖北荊州市一帶），支援司馬休之。

這個魯軌有兩下子，相繼擊敗了前來攻擊的江夏太守劉虔之和彭城內史徐逵之，看起來似乎能鬥上幾個回合。

不過他的表演時間很快結束了，不久之後，劉裕大軍抵達江陵，劉裕親自督戰，將領們在劉裕的激勵之下，奮勇殺敵，司馬休之和魯軌的部隊很快被擊潰，被迫踏上了逃亡之路。

平定叛亂之後，劉裕為了安撫百姓，促進生產，採取了一系列措施。東晉時期豪門大族的勢力很大，很多山川湖泊之類的自然資源都被他們壟斷，老百姓想砍個柴或者釣個魚都得交錢給豪強，劉裕利用自己的影響力向朝廷上書，改變了這種狀況。

當時戰爭頻發，很多老百姓被迫離開家鄉，在外逃亡，一些豪強趁機藏匿流民，作為私用。朝廷難以得到各地準確的人口數字，也難以利用相應的人力資源。劉裕發現了這個問題，大力打擊不法豪強，在多地實行“土斷”，即根據老百姓當前真正居住的地方來劃分戶籍，並對過多的郡縣進行合併。這些措施起到了安定百姓、促進國力發展的作用。

穩定好內部之後，劉裕把目光看向了北方的後秦。