建文四年（1402年）六月，燕王朱棣的大軍渡過長江直逼金陵（今南京），曹國公李景隆與谷王等開金川門投降，京師遂破。與此同時，南京皇宮中燃起熊熊大火，上千名來不及逃走的宮女、太監等葬身火海。大火被撲滅後，在灰燼中發現了幾具燒焦的屍體殘骸，據倖存的太監說道這是建文帝及其皇后和長子朱文奎的屍體，面對著無法辨認的屍體，朱棣選擇了“相信”這一切。他下令為建文帝發喪，並在一個月後於南京繼位稱帝，改年號為永樂，是為永樂皇帝。

朱棣即位後，對之前忠於建文帝的舊臣開始了大肆殺戮，如齊泰、黃子澄被凌遲處死，誅滅九族，妻女入教坊司為妓女，方孝孺車裂於街市，誅滅十族，兵部尚書鐵鉉、禮部右侍郎黃觀、監察御史高翔等皆被虐殺並誅族。對於建文帝的子女家人，朱棣當然也不會放過。建文帝的皇后馬氏在靖難之役中死於宮中大火，他的長子朱文奎在靖難之役中與父親一起失蹤，有說死於宮中大火。次子朱文圭當時只有兩歲，靖難之役後被囚禁在鳳陽稱“建庶人”，直到明英宗時期，被囚禁五十多年的朱文圭才被放出，因為長期被關在暗無天日的皇陵之中，朱文圭被放出後連牛馬都分不清楚，並且在被放出後不久就病死了。

建文帝的兄弟姐妹一共有十人（懿文太子朱標所育共六子四女）。這十個人中除了建文帝之外，長兄虞懷王朱雄英等三人早夭，剩餘的兄弟姐妹們在朱棣即位後分別被囚禁或坐罪死。這其中吳悼王朱允熥（建文帝的弟弟）以不能匡正建文帝和心懷怨懟為由被廢為庶人，囚禁鳳陽，暴卒。魯悼王朱允熞（建文帝的弟弟）以不能匡正建文帝和心懷怨懟為由被廢為庶人，囚禁鳳陽，暴卒。甌寧哀簡王朱允（建文帝的弟弟）在靖難之役後朱棣允其奉懿文太子祀並住在陵園內，永樂四年，因住所失火被燒死，諡號哀簡。

再說建文帝的姐妹們，除了早夭的一個外，宜倫郡主和南平郡主生前都沒有受封的記錄，宜倫郡主在永樂十五年時下嫁，南平郡主的封號是在她死後被追封的。這其中記載最為詳細的是江都公主，她在洪武二十七年嫁給長興侯耿炳文之子前軍都督僉事耿璿，建文元年時被封為公主，永樂初年耿璿因連坐得罪而死，公主被降為郡主，不久後就鬱鬱而終。