秦始皇兵馬俑是世界上規模最大、結構最奇特、內涵最豐富的帝王陵墓，而在以後的兩千多年的時間裡，秦始皇陵一直都是考古界的重點保護、研究物件，自被發現以來就一直有著大量的謎題在困擾著我們。這座世界上絕無僅有的帝王陵墓究竟有哪些未解謎團？
一、兵馬俑坑百年後將成煤坑
由於遭受空氣汙染，秦始皇陵兵馬俑正在緩慢風化。這些在地下埋藏了2200多年的老古董開始地面生活後，一直面對氧化、水侵的威脅，現在出現了水土不服症狀。專家呼籲如果還不採取任何措施加以保護，那麼在100年內兵馬俑將會遭到更嚴重腐蝕，鼻子和髮型都有可能消失殆盡，雙臂也有可能從身體上脫落。到時兵馬俑坑看上去與煤田沒有什麼兩樣，不再有任何美學價值。
據相關媒體披露，中美兩國科學家已經啟動了一個短期保護計劃，研究博物館內空氣汙染物對兵馬俑的影響，力爭早日提出控制治理對策，最終從目前的搶救性保護轉變成預防性保護。同時專家透露，如果拯救措施得當，兵馬俑衰老程序肯定會被延遲，但兵馬俑到底還能保持多少年，目前還不清楚。
二、秦始皇陵驚現地下國庫
中國第一代封建君王秦始皇與其地下國庫埋葬在一起，這一訊息咋一聽匪夷所思。不過據官方報道，透過對秦始皇陵進行核磁掃描，中德雙方考古學家不但清楚地掌握了墓穴結構，還發現在地宮中埋藏了大量錢幣，甚至還有專家說錢幣大部分是銅幣，但也會有小部分銀幣。
陵墓中放置大量硬幣，無疑是秦朝的國庫，這一發現太讓人感到震驚了。不過由於技術問題，我們不應出於好奇就開棺掘墓。原因很簡單，兵馬俑退色了，馬王堆辛追溼屍也變幹了，北京十三陵中挖出來的一盤藕片更是化成灰了。挖掘就意味著毀壞，如果這些寶藏在地下能得到更好的保護，就讓我們先不要去驚擾它們的千年沉睡。
三、秦陵地宮水銀來自旬陽
近些年來，考古人員利用遙感技術對秦始皇陵進行地下勘測，初步確定地宮深度達30米，足足穿過了三層地下水，地宮相當於現代4層樓建築高。考古人員還發現了封土堆上存在著嚴重汞異常，有人推測汞儲量可能多達上百噸，這也印證了司馬遷的以水銀為百川江河大海，機相灌輸描述。秦始皇為何要在地宮注入大量水銀，理由大抵有兩個，一是殺死入侵盜墓賊，二是防止屍體腐爛。
水銀功效顯而易見的，問題是水銀來源一直是謎。在陝西旬陽縣有一座水銀山，地質工作者在這裡發現了古代採礦留下的700餘處古礦洞，一般有幾十米深，大洞套小洞，小洞與支洞相連，附近還出土了秦漢時期鐵钁遺物。從這些文物和遺蹟顯示，秦時旬陽就已經是一個採汞重鎮，運輸水銀可以沿古道經鎮安、過柞水到達關中。雖然說這還是一種推測，需要進一步證實，但從種種因素分析，秦陵大量水銀來自旬陽的可能性很大。
四、秦陵地宮果真有飛雁
據《三輔故事》記載，楚霸王項羽入關後，曾以三十萬人盜掘秦陵。在他們挖掘過程中，突然有一隻金雁從墓中飛出，一直朝南飛去。斗轉星移過了幾百年，有一位三國太守張善還見到了這隻金雁。瀏覽史書，我們發現司馬遷和班固都留下黃金為鳧雁之說。至於說金雁製作精巧，而且還能飛，這也是有可能的。因為在春秋時期，魯班已經能製造出木雁，能飛到天空，一直飛到宋國城牆上。
不過一個金屬物體在空中飛翔要像風箏和輕氣球那樣簡單易行，如果沒有機械動力單靠自然界風力，不要說空中飛行，恐怕連起飛都成問題。再進一步分析，假設秦代有能力製作會飛的金雁，那麼金雁埋入地宮之後將會不停地自動飛翔，一直在地宮內飛行了近一千個日日夜夜。當項羽開啟地宮墓道時，這個自動飛翔的金雁又沿著墓道順利地飛出地面，然後又越過秦陵南側數千米高的山峰飛往遙遠的南方。如果這個奇聞不是傳說，那麼金雁的控制與指揮系統恐怕連今天的電腦也望塵莫及了。
五、秦兵馬俑坑驚現2200年前洋勞工
在兵馬俑挖掘過程中，除了出土大量青銅器外，還發現了大量白骨。透過與部分現代人線粒體DNA資料參照，專家研究樣品單倍群歸屬進行了初步確定，在秦始皇兵馬俑坑埋葬著一具2200年前具備歐亞西部特徵的人類遺骸，死者生前是修建秦始皇陵的勞工，是比較典型的波斯人。
洋勞工在2200年前已來到中國腹地，其意義猶如在金字塔修建者中發現了東方人一般，在東西文化交流史上具有重大意義。
六、秦始皇陵暗藏九層妖塔
坐在飛機俯視秦陵封土，可以清清楚楚地看見一個正方形錐體，所以美國人叫它黃土金字塔。其實美國人錯了，秦始皇陵不是三層臺階式覆鬥形封土，而是建造在九層夯土之上的中華土木大金字塔，甚至比埃及胡夫金字塔更大。還不僅如此，秦陵地宮也是一個同等規模的倒金字塔。更讓人難解的是，封土臺九層夯土似乎暗合了九層妖塔之說，這在世界上是絕無僅有的。
每一層都有妖魔鬼怪。雖是小說之言，但是空穴來風。《老子》講哲學以建築作比喻，有九層之臺，始於壘土之說，可見在春秋就有九層之臺建築了，可惜還沒有發現東周九層之臺遺蹟。秦始皇是個怪人，他在地宮修建30米高樓，僅僅是供靈魂出遊地宮的，至於地表造九層妖塔之謎，看來要求救考古發現了。
七、秦陵地宮設三重防盜門
地球人都知道，秦始皇陵地宮中設有防盜機關。但要問有哪些防盜機關，偏偏沒人能說清楚。相傳秦始皇陵地宮的周邊填了一層很厚的沙子，形成沙海。這沙海就是秦陵地宮的第一道防線，使盜墓者無法透過挖洞進入墓室。 如果說沙海只是一種傳說，那麼暗弩則有明確的記載。
司馬遷在《史記》中肯定地說：秦始皇陵中設有暗弩，在墓門內、通道口等處鬥安置上這種觸發性武器。當盜賊進入秦陵觸動機關時，就會被強弩射死。與暗弩配合的機關還有陷阱等等。盜墓者即使不被射死，也會掉入陷阱中摔死。地宮第三道防線是水銀河，大量水銀像江河湖海一樣透過機械運動迴圈流動，一方面有利於保護屍體腐爛，另一方面使得水銀蒸發的氣體中含毒，也會把盜墓者燻死。
八、秦陵地宮有道防水大壩
秦陵地宮能儲存下來，不得不提一道防水大壩，也就是地下那道規模巨大的阻排水渠。阻排水渠其實是堵牆，底部由厚達17米的防水性強的清膏泥夯成，上部由84米寬的黃土夯成，正好擋住了地下水由高向低滲透，有效保護了墓室不遭水浸。這一套阻排水渠和都江堰、靈渠有得一比，北京國家大劇院也是按照這套辦法來解決水浸問題的。
地宮的建成本身就說明了排水系統的成功，而阻水系統更是經歷了2200多年時間檢驗。透過自然電場法和核磁共振法測出，在所推斷的墓室和地宮範圍內為不含水區，而阻排水渠外測的相同深度為含水區，從而證實這個地下阻排水工程迄今仍然在發揮著作用。這應該就是班固在《漢書》中所言的下錮三泉。
九、兵馬俑殺死項羽
在秦末亂世，秦始皇兵馬俑軍團原型的秦京師軍下落不明。這個問題不僅涉及到兵馬俑軍團性質，也涉及到整個帝國秦軍的動向，甚至牽涉到秦帝國的滅亡、楚霸王的失敗和漢帝國的勝利等諸多問題。據野史記載，曾經擊垮了秦帝國的楚霸王項羽，最後卻死於兵馬俑之手。最後在烏江邊斬殺項羽的5位騎兵將士，都是關中地區出身的秦人，也都是舊秦軍將士，都是秦兵馬俑的原型。
垓下之戰，漢軍60萬，楊喜、楊武、呂勝、王翳、呂馬童這5名騎士能夠留下名字，已經是奇蹟了。在十二萬分之一的機率中脫穎而出的5人，卻是百分之百的舊秦軍的將士，而且官職都合於秦京師軍，更是決非偶然了。所謂史事鎖鏈一環緊扣一環，最後竟然在項羽之死和兵馬俑之間找到歷史連結點，引出兵馬俑殺死了項羽一事來，使人感到了歷史的深沉和神奇。
十、兵馬俑都是單眼皮
所有的兵馬俑雖然陶俑裝束、神態都不一樣，髮式有許多種，手勢也各不相同，臉部的表情更是神態各異。但世人驚奇地發現：所有的兵馬俑竟然都是單眼皮！難道是因為當時的古人都是單眼皮？還是古人以單眼皮美男子為標準？或是工匠認為雙眼皮消耗雕刻時間，所以為了節約完工時間而統一雕刻成單眼皮？眾說紛紜，就連考古學家和歷史學家，也無法完全準確地解釋這一現象！