除了民間信仰的宗教，還有一種在祭司和受過教育的人中十分盛行的宗教。這種圈內人的宗教才是神性的真正核心。宗教經典只有祭司和創始人才懂，他們教導說只有一種單獨的存在，“是天地萬物唯一的創造者，他自己卻是源自虛空”“唯一的真正的永生神，是他自己生出來的”“他自萬物之始就存在”“他創造了萬物，但他自己卻是出於無物”。這種存在似乎無法用哪怕是象徵性的物質或形式表現。據說他沒有名字，即便有的話，念出來或寫出來也都是不合法的。

他是一種純粹的精神，無論哪方面都是完美無瑕的——全知的、全能的、至善的。埃及詩人用下面的讚美詩來頌揚他：“他沒有被雕刻在大理石上；他是看不見的；他的仙蹟無處可尋；任何神殿裡都沒有他的畫像；任何建築都無法容納他”；而且“無人知曉他在天國的名字，他不顯示他的真身；面對他的表現一切都是徒勞”“他始於萬物之始，遠古以來他就存在，萬神皆與他同在；沒有生父生母；他是元始大神，自我創造；自他之始，萬神皆存在。”

在深奧的宗教中，其他神以及流行神話中的神被認為具有人性，或者說大自然的各個部分受到了神的啟發。納姆或科奈弗代表創造性的思維。卜塔代表創造力的手或創造行為；馬烏特代表事物；拉代表太陽；柯恩斯代表月亮；塞布代表地球；科赫姆代表大自然的原生力；納特代表上半球的天堂；阿瑟代表下半球的地獄；透特代表擬人化的神性智慧；阿蒙或許代表神秘而不可思議的神聖；歐西里斯代表神聖的神明。很多時候，很難精確地確定大自然的特性、行為或者大自然想要做什麼，但它的原理是毋庸置疑的。

受過教育的埃及人不會把受歡迎的神設想成真正獨立而特別的存在。所有人都知道，有且僅有一個至高無上的神，並且明白，當他們敬拜科赫姆、科奈弗、莫特、透特或者阿蒙時，至高無上的神就是以他們其中某個神的表現形式或者在某個方面受到崇拜的。他就是所有的神，因此所有的神的名字是可以互換的。在同一首讚美詩裡，我們會發現一個神，比如阿蒙，也被稱為拉或者科赫姆、塔姆、荷魯斯和柯赫普拉；或者尼羅河神哈皮，也被稱作阿蒙或者卜塔；或者把歐西里斯叫做拉和透特；或者事實上，任何神可以被叫做任何其他的神。

如果有什麼限制的話，就是那些邪神的名字不能用來稱呼正神。所有埃及人都相信的一點是，嚴格地說，如果不是在不朽的靈魂中，那麼，至少在來生，每個人都會根據他在塵世間的所作所為受到審判。人們普遍接受的是，靈魂在死後立即下地獄，被帶到“真理堂”，在歐西里斯和四十二位判官面前，接受真理之神和已故之人的審判。“主管稱重的神”阿努比斯，提來一副天平，在一個秤盤裡放上象徵真理的標記物，在另一個秤盤裡放入一個瓶子，裡面裝著死者的善行；此時，透特站在一旁，手裡拿著一個寫字板，上面記錄著過秤的結果。

根據天平傾斜的一側，地獄判官歐西里斯釋出判決。如果善行佔優勢，受保護的靈魂就被允許登上“太陽之舟”，由善良的神靈引導著去往極樂世界，進入“和平池”和歐西里斯住的地方。如果正好相反，善行不足，沒有透過考驗，那麼不幸的靈魂就要依據它應得的報應受到審判，開始輪迴，變為不那麼純潔的動物，輪迴的次數、性質和持續的時間取決於死者罪過的級別、嚴重程度和為洗清他應得之懲罰所需的持續時間。