在鄭成功的圍攻下，荷蘭殖民者在三路出擊失利後敗局已定，內部也又多種聲音。很快考烏借與福建清軍聯合攻取廈門為名，與2艘戰艦跑路，增援行動全部失敗。

鄭成功繼續荷蘭總督揆一施壓，先是指揮30多門大炮連續發射2500餘發炮彈炸燬了熱蘭遮城的主要外圍陣堡——烏特利支堡。

外圍城堡被攻克後，此時熱蘭遮城完全暴露在明軍的火力下。鄭成功為了速戰速決先是切斷水源，然後在烏特利支堡廢墟上架炮轟炸熱蘭遮城。至此留給揆一的時間不多了。

同期陳永華（陳近南）俘獲的一位荷蘭船長拉迪斯，動員他對揆一進行勸降。拉迪斯葵一從勸降書得知卡烏已經逃走的訊息，看到了投降就能確保生命財產安全的條件。很快第二封信件又到，只是一張白紙，意味著這是最後的警告。

荷蘭殖民當局按照內部程式，於1622年1月27日召開“臺灣評議會”決定命運。29名成員中只有4人反對議和，25人同意立即投降。

雙方談判時，鄭成功明確要求，殖民者必須“獻城投降”降國旗；屬於東印度公司的裝備包括軍械、彈藥、糧食等物品必須交出，屬於私人的財產除了巧取豪奪的珍貴文物外可以帶走。最終鄭成功還同意了談判代表的最後一個要求，即要在撤離時“擊鼓、鳴金、荷槍、揚旗”。鄭成功同意了他們的這一請求——我們這邊有兩個民間傳說，一個是鄭成功說除了土地，你們身上的其他東西可以帶走。同意殖民者體面下臺，並提供船隻送他們回荷蘭。還有一個傳說，是說當地群眾向他獻上土和金，鄭成功選擇了土，沒選擇金。

總之，荷蘭殖民者在兵敗求和後，是順利回國了。鄭成功沒對他們趕盡殺絕，但東印度公司卻沒放過他們，其中總督葵一回印尼東印度公司被判終身監禁，關了十幾年後，才花錢保釋出來。《被遺忘的臺灣》一書就是總督在被監禁期間寫下的。

總督後裔很感激鄭成功的不殺之恩，其後裔子孫麥可一家，曾經訪臺南市延平郡王祠祭拜鄭成功。訪問期間足跡走過舊名普羅民遮城的赤崁樓、熱蘭遮城的安平古堡、及鄭氏宗祠、延平郡王祠等地。