公元1564年，明朝與倭寇的戰爭已步入尾聲。
先前還是重災區的浙江、福建兩省，已經因連續不斷的軍事追繳而趨於平靜。但在以潮汕為核心的粵東水域，依舊有大批海賊和潛在支持者在積極聯動。他們往往以南澳島為後盾，嘗試在大陸上構建私有堡寨，進攻官府所掌握的衛所城池。
正因如此，只要官軍無力進行清繳，那麼閩粵兩省的海禁難題就無從解決。大批逃難倭寇的抱團集中，也註定了南澳島必將成為雙方下一次激戰的絕對焦點。
俘虜倭寇的明朝官軍
早在1563年的仙遊之戰過後，福建大部分地區的倭寇隱患就已被戚繼光所排除。
與此同時，一直在以粵東為基地的飛龍皇帝張璉，也在俞大猷的聯絡打擊下節節敗退。最後不得不率殘部駕船遁逃，渡海定居於蘇門答臘島的華裔重鎮——舊港。至於同樣源自潮汕的另一位海商頭目林道乾，索性與部下一同去尚未開發的臺灣躲避。
位於漳州沿海的梅嶺村
然而，明朝官軍的勝利其實很不徹底，經常需要為抓大放小而詔安部分倭寇分支。
比如以漳州人吳平為首的海賊集團，就提前宣佈獨立單飛，並在俞大猷的安排下回祖籍梅嶺鎮駐屯。作為必不可少的交換條件，他們承諾不在與官軍兵戎相見，甚至會為抗倭作戰提供人員或艦船。結果卻是兩頭佔便宜，打著官方授權的名義招兵買馬，並將不少流散在外走私武裝都收歸門下。加之所在的詔安縣地形適於防守，不僅四面環水還只有狹窄水道通往外海，所以很快演變為各路叛軍的棲身之所。
梅嶺自唐朝起就是區域內的交通要道
當然，吳平的舉動也很快引來當局關注。
但一系列新舊問題交相輝映，卻讓負責該防區的俞大猷已無暇他顧。首先是在1564年4月，珠江流域爆發了以水師民團為首的柘林兵變。一些倭寇舊部也以南澳島和梅林鎮為基地，或多或少的協助叛軍行動。這讓明朝官軍不得不把主力抽調回省城廣州佈防，甚至徵調葡萄牙商船來為自己作戰。接著，吳平自己也選擇先下手為強，從6月起集結部眾襲擾福建各地，讓剛剛緩和的海防形勢又再度惡化。
廣東的兵力匱乏讓俞大猷被迫向澳門的葡萄牙人求援
於是，明朝方面只能再次寄希望於戚繼光，要求他把數量非常有限的精兵帶去漳州。
但在一切準備妥當之前，他也只能靠有限的駐軍進行被動防禦，等待真正主力由浙江抵達。因而在整個1564年裡，吳平都得以在漳州沿海為所欲為。
為進攻南澳戚繼光在漳州做了大量準備
到了1565年春季，近萬人的明朝官軍終於準備就緒。
為了能一勞永逸的蕩平對手，戚繼光決定採取穩妥的海陸夾攻之策。由自己率領陸上主力，從距離戰場最近的漳州府城前往詔安縣。另有傅應嘉指揮的新建水師，從設在金門的基地開往梅玲，在東西兩個方向上形成包抄。可能是過去數年的戰果積累，讓大部分倭寇都對戚家軍心生忌憚。吳平甚至不願意防禦自己精心構築的三座堡壘，直接選擇攜全體成員進行轉移，用提前打造的百餘艘小型艦船出海。而被他們相中落腳點，自然是距離不遠且總為走私團體所青睞的南澳島。
位於潮汕沿海的南澳島
事已至此，官軍針對吳平等人的行動似乎就應告一段落。
但此時的東南沿海，已不存在第二個有相同規模的倭寇集團。這就讓明朝方面得以放開手腳，盡全力對堪稱萬惡之源的南澳島展開專項圍剿。戚繼光便在當年8月，將自己的指揮部搬遷至梅嶺，讓士兵進駐對手先前建造的營壘。同時還不斷派人徵收漁船，再裝滿石頭後開至烈嶼、宰豬、大沙等地，堵塞那些可能被用於突圍隱藏的外圍島礁。等到南澳島上的對外供給被切斷大半，才不緊不慢的謀劃登陸方案。
南澳島面積雖大但基本為丘陵山地所覆蓋
另一方面，南澳島上的倭寇也有構築一系列堅固營地。
但全島的總面積畢竟有117。73平方千米，光海岸線的總長就達94。3千米。儘管島上還有高588。1米的大尖山，可以供觀察者俯覽大片淺灘，卻必須透過成片丘陵才能與低窪處取得聯絡。因而更方便小股人馬偷偷藏匿，而不適合應付強敵進攻。吳平麾下雖還有15000多人，卻因地形限制而被分割在島嶼各頭。他所能採取的最佳應對之策，就是利用山地搞偷襲，不斷消磨明軍的追剿意志。同時也做好了最壞打算，準備著迅速乘船躲到海上。
登陸南澳島的戚家軍部隊
公元1565年9月22日，等不來俞大猷的戚繼光決定強攻南澳。
由於此時的明軍水師已用上大福船等專業戰艦，所以並不擔心在水面同倭寇的小艇遭遇。參與陸戰的戚家軍主力，則在距離對手主營地約30裡的
龍眼沙靠岸，然後迅速向著吳平本人的所在位置挺進。此外還另行安排左右兩翼協助，分別對準島上的不同區域，用仰攻手段牽制其他營壘的倭寇偏師。
遭遇倭寇的戚家軍
面對大股官軍的全面進攻，吳平很快就做出了相應調整。
或許是出於對部分下屬的不信任，也可能是擔心島上地形不利於守軍集結，他打算直接用一場精心安排的伏擊搞定對方主力。隨即在遠離沙灘的丘陵中安插2000心腹，再讓小股散兵前往海邊挑選誘敵。可惜，戚家軍本就是以山地戰起家，又有非常豐富的抗倭經驗。故而對萬變不離其宗的計謀比較無感，選擇繼續在灘頭位置上安營紮寨。
大部分倭寇都是裝備寒酸的輕裝士兵
如此一來，島上形勢的走向便迅速不利於防守者。
首先就是明軍水師擁有比較明顯的制海權，並提早在可能的對接島礁設定障礙。這讓倭寇們無法就近尋覓藏身窩點，也不可能再從大陸支持者那獲得交易補給。足足15000人的隊伍，只能在各自的有限空間內迅速消耗物資。其次，破碎的丘陵地形覆蓋大部分面積，讓分頭紮營的倭寇不能有效策應。特別是在需要應付3路進攻的情況下，都不敢冒險派人跑去協助其他盟友堅守。如果再考慮到俞大猷等人的部隊尚未抵達現場，那麼持續靜坐便是戚繼光所能達成的最理想局面。
在正面交鋒中戚家軍始終保持對倭寇的壓制
果然，雙方的對峙僅僅持續3天，吳平便看出這樣的死局非常危險。
因為陣營是由來自潮汕、漳州、泉州、莆田、福州或浙東的無數海賊、走私團體或陸上盜匪拼湊而成，甚至還有部分來自九州與琉球的外籍傭兵，所以在本質上容易相互猜忌。如今又被外力壓制隔絕，自然有很多人要傾向於繳械投誠。因為主動率部出營，猛攻還在灘塗休整的戚家軍主力。結果卻被嚴陣以待的後者迎頭痛擊，只能在退回原地後靜觀其變。戚繼光也不失時機的派人到各初巡迴勸降，很快就招來大批倭寇的乖乖就犯。
兵合一處的明朝閩粵浙三省軍隊
10月4日，姍姍來遲的閩粵兩省部隊，終於由俞大猷和湯克寬率領抵達南澳前線。
官軍規模也立即暴漲到30000多人，開始分兩路向吳平所在的主營發起致命夾攻。後者眼看自己大勢已去，只能再度命人出海撤離。稍後卻遭蹲守水師的半路截擊，只剩40艘小船和800餘人得以暫時脫離。至此，向來被倭寇視為“最後陣地”的南澳島，也終於被明朝軍隊所短暫控制。
短暫勝利依舊無法讓明朝解決倭寇問題
不過，戚繼光等人在南澳島之戰的大獲全勝，依舊沒能解決東南海岸的倭寇問題。由於兵力太過有限，又將重點拘泥於追殺匪首吳平，以至於讓尚在頑抗的林道乾、曾一本都獲得喘息之際。好不同意清繳成功的島嶼，也將在稍後再度為倭寇所重新控制……