1648年元旦，清軍攻佔湖南和廣東。永曆帝逃往南寧，在南明山窮水盡之際傳來一連串好訊息，江西總兵金聲桓和副總兵王德仁反清，李成棟反清，甘肅回民將領也反清，搖搖欲墜的南明似乎又有希望了。

四月十五日，兩廣提督李成棟在廣東宣佈反清復明。李成棟本是農民起義軍，之後投降了清朝，之後特別賣力，率軍從江蘇，浙江，福建攻入兩廣地區。他還滅了兩個南明政權，間接地殺了南明的隆武帝和紹武帝。

九月李成棟穿過梅嶺兵分兩路進軍贛州，可是清軍趁李成棟立足未穩發起突襲，李成棟被打的措手不及，首戰失利，只能撤軍。這個時候金聲桓，王得仁二人被清軍包圍，金聲桓身中兩箭隨後自盡，王得仁最後被肢解。江西再次被清軍佔領。

隨著江西被平定的同時，甘肅得起義也被平定了。而在湖南的何騰蛟只知道與忠貞營爭功，自毀長城。1649年正月，清軍知道何騰蛟在湘潭，於是派兵進攻，何騰蛟被圍最後被殺。一個何騰蛟把南明覆盤大計攪得一塌糊塗，何騰蛟死後剩餘的軍隊不戰自潰。

1649年二月，李成棟再次出兵攻贛州，這時金聲桓已經敗亡，何騰蛟也被殺了，清軍士氣大振，對明軍戰局不利。沒等李成棟到達目的地，清軍先發制人擊敗了李成棟軍，李成棟部下退守信豐，這時軍心已經不穩了。

南明是一段鮮為認知的歷史，從1644年崇禎自縊到1661年朱由榔被吳三桂用弓弦勒死，共經歷了五個政權，18年。期間有數次機會可以打回江北，中興明室。可是南明的幾個政權都沒有抓住，他們還是像明朝末年一樣搞內鬥，不團結，最後被清軍逐個擊破。

南明這段歷史雖短，登場人物和事件卻極多。短短的18年中，南明各政權朝堂內廷中文官黨派紛爭不斷，戰事頻繁而民生日凋，大大小小的歷史人物你方唱罷我登場，在海域、疆場上鏖戰不休，在大廈將傾前上演了一出出傾軋爭鬥，極具傳奇性與可讀性。