康熙皇帝在位的前期，吳三桂、耿精忠等三位藩王爆發了叛亂，也就是歷史上著名的三藩之亂。尤其是實力最強的吳三桂，發動叛亂以後，迅速控制了雲南、貴州兩個省，四川、廣西的大部分地區，也在吳三桂的控制之下。一個最重要的問題出現了，各地的清朝官員為何要歸順吳三桂呢？其中，這些官員都是吳三桂任命的，這就牽扯到了著名的西選官制度。

普天之下莫非王土，率土之濱莫非王臣。自從封建制度建立以後，地方官員的任免權逐步掌握在中央政權的手裡。尤其是隋唐推行科舉制度以後，中央對地方的管控能力逐步加強。到了明朝統治時期，地方各級官員的任命都必須透過吏部衙門。因此，吏部天官能夠對抗內閣大學士。正五品的吏部文選司郎中，比各省的布政使分量還重。但是在清朝入關以後，雲南、貴州兩個省的人事任免權曾經不在朝廷的手裡，因為朝廷把這項權力交給了平西王吳三桂。雲南、貴州等地式南明政權最後的根據地，即使在永曆皇帝被殺以後，南明殘餘勢力仍不斷行動，西南地區的局勢很不穩定。

在這樣的情況下，清朝任命平西王吳三桂鎮守雲南。史書中記載：雲、貴初定，洪承疇疏用明黔國公沐英故事，請以三桂世鎮雲南。為了鎮壓南明殘餘勢力，吳三桂需要經常抽調部隊，而且還需要使用各地的賦稅。為了方便管理，順治6年，清朝把人事任免權交給了吳三桂，清史稿記載：時吳三桂鎮雲南，郡縣吏得自闢署，謂之“西選”。所轄文武將吏，選用自擅。各省員缺，時亦承製除授，謂之“西選”。又屢引京朝官、各省將吏用以自佐。換句話說，除了總督和巡撫這樣的封疆大吏，吳三桂有權力任免各級官員，這就是西選官制度。一時之間，雲南、貴州兩個省的絕大部分官員，都是吳三桂集團成員。

隨著吳三桂集團的勢力擴大，四川、陝西、廣西等地的部分官員也是吳三桂的人。清朝最高層逐步察覺到了這個問題的重要性，隨著自身統治的鞏固，康熙6年，清朝收回了吳三國的西選官制度特權。雲南、貴州兩個省的官員任免，開始由朝廷的吏部決定。但是為了避免刺激吳三桂，清朝保留了吳三桂推舉官員的權力。例如吏部和吳三桂都推薦官員擔任同一個官職，清朝最高層會採用折中的辦法，誰先到任，誰就正式上崗。因此，在路途中截殺官員的事情確實發生過。從另一個角度來說，康熙皇帝正在慢慢長大，準備對吳三桂等三藩動手了。其實，無論是康熙皇帝，還是三藩，都沒有真正做好準備。

當時，三藩之一的尚可喜請求返回遼東養老。三藩之所以這麼做，是斷定朝廷不敢撤藩。康熙皇帝卻迅速同意了尚可喜的請求，並且隨後撤銷了三藩，康熙皇帝斷定三藩不敢造反。但雙方都失算了，朝廷撤藩以後，吳三桂等三個藩王先後起兵造反。從當時的情況來看，吳三桂屬於匆忙造反，並沒有做好準備。朝廷也沒有做好軍事準備，因此在吳三桂造反以後，清朝方面也是措手不及。由於雲南、貴州兩個省的大部分官員都是自己的舊部，因此，吳三桂迅速控制了雲貴等地。四川和廣西的很多官員也倒向了吳三桂，這都是吳三桂在西選官制度時期安排的官員。

吳三桂在很短的時間內，控制了整個西南地區，並且佔領了湖南等地。但是整體實力不如清朝，清朝方面逐步從最初的慌亂中反應過來，清朝康熙皇帝開始調兵遣將鎮壓叛亂。經過8年時間的戰爭，清朝最終平定了三藩叛亂。在此之後，清朝再也不敢把人事任免權交給地方官員。即使在清朝末期的混亂時期，也僅僅下放了部分軍事指揮權和財政使用權，至於人事任免權，一直在清朝中央政權的控制之下。