洪武十四年，朱元璋坐鎮應天宮城，指揮大明雄獅南征北戰。是年烽火連連，魏國公徐達與西平侯沐英率大軍出北谷口，開拔塞外草原奔逐殘元。北征數月大勝而還後，藍玉沐英調轉馬頭，又馬不停蹄率30萬大軍南征。就在捷報頻傳的時刻，朱元璋的萬年吉地明孝陵也開始動土修建了，10萬工匠先後湧入紫金山南麓造墓。

洪武三十一年，暑氣漸盛的宮城內，漏下四鼓仍燭火閃動，臥榻之上的明太祖朱元璋重病垂危，皇太孫朱允炆正俯首垂淚，尊聽祖父最後的囑託。朱元璋開創大明之後，時時處處以社稷萬年計，然而長子朱標早逝，遷都未果，允炆孱弱而諸王威壯，種種皆令年老的朱元璋憂危於心，不時悵然氣絕。

朱元璋在遺詔中提及“喪祭儀物，毋用金玉，孝陵山川因其故，毋作改”，朱允炆照遺命將朱元璋奉安孝陵地宮，與馬皇后合葬。彼時的明孝陵雖然已經修築了18年，地宮已完備封存，但地面龐大的建築群仍在繼續，截止朱棣永樂三年，整個陵園才全面竣工。彼時的孝陵內鐘鼓陣陣煙霧嫋嫋，灑掃享殿侍奉燭火的宮人及守陵將卒就有6千餘人，戍衛森嚴。

故而截止明末，明孝陵儲存的都十分完好。然而明亡之後的數百年，明孝陵依然穩如磐石，雖無數盜墓賊覬覦，卻無一人能得手。明孝陵何以能堅如磐石，深埋山體中的地宮又有何玄機？1961年，考古界學者齊聚明孝陵，對整個墓地陵園形制展開全面的勘測研究。

經過數年的努力，考古界確定，明孝陵地宮之上的寶城雖然因地基沉降山水滲透等原因，出現了牆體坍塌及撕裂的情況，但寶城之下的地宮確實完好無損，沒有任何成功打通的盜洞。相隔36年之後，也就是1997年，考古界再次啟用最先進的物探技術，專門對地宮進行了精準探測，歷時6年終於揭開了孝陵地宮深埋的終極秘密，震動了整個考古界。

親臨現場的學者都慨嘆朱元璋真是盜墓者的剋星！原來在勘測中學者發現，明孝陵地宮看似沿襲漢唐舊制以山為陵，實際上卻來了個大創新！古時候所有以山為陵者，均是由上向下開鑿，達到所需深度後再左右延伸，開鑿墓室。而孝陵地宮截然不同，是從山體一側擇取一點橫向深入，這意味著任何從上向下挖掘的盜洞都不能成功。

而墓道也十分詭異，不正衝墓室，也不是直道，而是側向迂迴深入，極為曲折複雜，非物探技術找不到墓道。更神奇的是，朱元璋似乎對盜墓賊的手段瞭如指掌，整個墓室周圍除了環繞巨石之外，上方和兩側均包裹厚厚的細沙層和巨量碎石層，此二者層層交織，看到這裡摸金校尉該頭疼了。

孝陵地宮外圍包裹的沙石設定，正是數千年間盜墓界最束手無策的流沙墓，而且孝陵遠比單一流沙墓更為周密。無論盜墓者從哪個方向挖來，都會被巨量的流沙及碎石迅速包圍，別說盜墓，逃命都很難，如此種種是孝陵無人能動的先決條件。此外清人入關後，雖然取代了大明，但為了安撫大批遁往江南的明之遺民，從多爾袞開始，上至君王下至將相都對明孝陵尊崇有加。

康熙、乾隆下江南時，亦奔赴明孝陵拈香奠酒，三跪九叩祭拜明太祖朱元璋，敕令江南衙署看護孝陵，清代君主的重視，很大程度上也保護了明孝陵這座文史寶庫，使得傳承至今。