1961年，馬來西亞“國父”東姑阿都拉曼提出了建立馬來西亞的方案，東姑的設想是把馬來亞、汶萊、北婆羅洲和砂拉越這些地方聯合起來共同建國，大家抱團取暖，共同致富。在一開始的時候，東姑並不想把新加坡拉進來，因為新加坡的華人佔比高達75%，這樣會破壞其民族結構。但是，英國人告訴東姑，你應該把新加坡拉進來，不然新加坡有可能會變成“紅色”。東姑思考再三，同意了英國人的建議。

但是，在新馬合併之後，雙方卻發生了很多問題，包括施政方針的衝突，中央和地方的矛盾，還有種族衝突。1963年，李光耀憑藉著自己的能力和威望奪走了原先屬於馬來的三個選區，這讓東姑難以接受，他告誡李光耀：你們不該打馬來人的主意。

1964年9月，新加坡因為種族矛盾發生了流血事件，這讓東姑意識到到局勢正在朝一個非常危險的地方走去，為了解決華人和馬來人之間的群族衝突，捍衛馬來人在馬來西亞的特殊地位，東姑透過修憲的方式，強行趕走了新加坡。

新加坡太小了，只有719平方公里，它該如何獨立生存？在對國民宣佈這一訊息的時候，李光耀對著鏡頭流下了眼淚。李光耀並不是完全沒有想到這個結局，他在新馬合併之處就預料到了可能會是如此收場，但他必須去嘗試，去試圖改變，因為新加坡太小了，但是最後他還是未能成功。

24年後，新加坡已經成了一個高度發達的國家，在接受美國《新聞週刊》採訪時，李光耀依舊對此事影響深刻，耿耿於懷，他對記者說，新加坡被馬來西亞驅逐出去，是自己從政以來遭受到的最大挫折。

李光耀認為，驅逐新加坡是馬來西亞所做出重大決策失誤，時隔幾十年，李光耀依舊認為，如果當初東姑能堅定地壓制著那些激進分子，允許華人、印度人和馬來人在馬來西亞平等地共處、一起發揮自己的智慧的話，今日的馬來西亞一定會更好。

由於受到“馬來人沙文主義”的逼迫，原先生活在馬來西亞的華人和印度人紛紛選擇離開，沒離開的只是因為沒有能力，而離開的都是精英，其中就包括後來在澳大利亞做了財政部長的黃英賢女士等等。這些非常優秀的人才本可以為他們所用，但是馬來西亞卻選擇了自斷一臂。