“揚州十日”清軍佔領揚州以後，趁大霧渡過長江，攻佔南京。弘光帝逃到蕪湖，後來被俘，押到北京處死，其官員多數降清。

弘光政權覆滅之後，張煌言等人擁立魯王朱以海在紹興稱監國，同時鄭芝龍等人在福州擁立唐王朱聿鍵為帝，年號隆武。魯王政權和唐王朱聿鍵的隆武政權為了爭所謂正統，自相殘殺，水火不容。

魯王政權利用錢塘江天險屢次擊敗清軍的進攻，阻擋了清軍的南下。但他只滿足偏安一隅。根本不想北上抗清，收復失地。

1646年，清軍趁天旱水淺，強渡錢塘江，明軍一觸即潰，魯王乘船逃亡海上，時人稱之為“海上天子”。

魯王派人向隆武帝求援，信中稱隆武帝為“皇伯叔”，而沒有稱“陛下”。隆武帝龍顏震怒，喝令侍衛把魯王的信使殺了，還振振有詞地說：“現在最憂慮的事，不是清軍而是魯王。”

隆武帝生活簡樸，喜歡讀書，一心想恢復明朝，還一度想御駕親征。他殺了前來招降的清朝使者，整頓吏治，嚴懲貪汙，重用金聲、楊廷麟、何騰蛟等抗清將領，但掌握軍政大權的鄭芝龍卻暗中降清。

鄭芝龍原來是個大海盜，後來被招安。清軍消滅魯王政權以後，揮師南下，進攻福建門戶仙霞關。

鄭芝龍為了儲存實力，將仙霞關的守軍撤回，帶領車隊撤回老家安平。隆武帝無可奈何，只好逃亡。

在清軍乘勝追擊的情況下，降武帝竟然捨不得丟掉幾十車心愛的書篇，前進的速度很慢，結果很快被清軍追上。

當隆武帝的人馬到達閩贛邊境的時候，本來可以迅速進入還在南明控制之下的江西省時，隆武帝卻下令停下來開啟行李晾曬龍袍，以便穿戴整齊地接受臣民的覲見。

這時清軍追了上米，隆武帝和大臣周之藩慌忙躲入關帝廟。清兵在廟前厲聲呼喝：“朱聿鍵出來。”

忽然，周之藩手持鋼刀跳出廟門，高聲說道：“我就是隆武帝！”揮刀殺向清兵，結果被清兵亂箭射死。

清兵進廟搜查，只見後門洞開，廟內空無一人。原來朱聿鍵已從後門逃入汀州城。後城破被俘，朱聿鍵在福州絕食而死。