由於御史董敦逸、黃慶基誣陷蘇軾誹謗先帝，蘇軾上書為自己辯護，他說：“我任中書舍人時，正值是朝廷流放一些受處分官員時候，所寫的訴狀，都是元降詞頭所敘述的罪狀，不是我個人意思所敢增加與減少的。關於呂惠卿的訴狀，事情涉及先朝，不能沒有禁忌的地方。我愚蠢的想法是古代鯀是堯帝的大臣不損害堯帝的仁義，宰予是孔子的學生不損害孔子的聖德。又何況呂惠卿被降級外放與罷免，非常厭惡其人，都是先朝的意思，我的區區忠心，沒有揹負先朝。現在黃慶基反誣我誹謗先帝，不覺得矯枉過正，矯誣過甚嗎 其餘所說的李之純、蘇頌、劉誼、唐義問等人的訴狀，都是黃慶基牽強附會想要治我的罪。誣陷我誹謗先帝，開始於朱光庭，推向高潮的是趙挺之，走向極端的是賈易，如今黃慶基拜他們為師又用這個罪名來誣陷我。我擔憂這暗害、中傷的害人的方法，剛露頭的不好事物不能容許其發展滋長，這不是我一個人的事情。”太皇太后命令蘇轍寫了一道諭旨：“因為近來大家正相拾取，且必須減少事務。”這諭旨的意思是告誡群臣不要多事。蘇軾上了一道致謝的札子說：“過去東漢孔融才幹有限而抱負很大，因此遭受了路粹等人構陷被誅殺的冤屈；西晉嵇康，天資高，但見識少，因為他對司馬氏採取不合作態度，對想結交他的鐘會冷遇，為友人呂安辯護，因此被鍾會進讒言遇害。我沒有孔融、嵇康這兩人的長處卻兼有古人的短處。如果不是陛下以公心行寬恕之道，至仁而普照天下，不然，我就會跟隨孔融、嵇康在黃泉地下同遊了，還有我的今天嗎 ”
元祐八年六月，禮部尚書蘇軾乞求外任當越州知州，朝廷下詔書不同意。太皇太后去世，宋哲宗親政後並不信任蘇軾，並且對太皇太后提拔的大臣有厭棄之心，所以，蘇軾感覺苗頭不對，又想離開京城到地方任職避禍。九月，太皇太后高氏去世，她去世後，蘇軾失去的靠山。端明殿學士兼翰林院侍讀學士、禮部尚書蘇試離京外任為定州知州。十二月，蘇軾赴定州就職。因宋哲宗親政，國事將變，蘇軾不能入朝中向皇帝辭行，在將要起程時，蘇軾上奏說：“我經常侍候陛下，現在去邊關定州，顧不上見皇帝一面而行。何況我是被陛下疏遠的小臣，想要門路，很難。然而我不敢以不能與陛下見面談話的原因而不效愚忠。古代的聖人有作為的，必先處晦觀明、處靜觀動，則萬事萬物的情況能夠了解。陛下聖明與智慧高於常人，正當壯年，我願虛心依照道理或遵循規律，一切沒有所為，默觀國家大事之利害與群臣之正邪，以三年為期限，等到其實情，然後有所作為，使政策實施後，天下沒有怨恨之意，陛下也不會後悔。陛下的作為，只擔憂太早，不擔憂太遲，就是個明君了。我害怕提拔好利之臣，勸說陛下改變制度，所以進呈此說，希望陛下留神、留意，這是社稷宗廟的福氣，天下的幸事。”
紹聖元年四月，御史臺的官員上奏說蘇軾寫呂惠卿的制詞，譏諷、譏笑先帝，朝廷下詔書對蘇軾給予降職處分，任英州知州。朝廷以工部侍郎李之純降級任寶文閣待制、單州知州，他受到處分是因為御史劉拯彈劾他在任職御史中丞時阿附蘇軾的緣故。接著，朝廷處分杭州通判秦觀，降職為處州茶鹽酒稅監，也是因為御史劉拯彈劾其依附蘇軾，並且增損《神宗實錄》內容的緣故。六月，來之邵等人彈劾英州知州蘇軾詆譭、批評先帝，降級蘇軾為寧遠軍節度副使，惠州安置。
紹聖四年二月，朝廷下詔書再次處分蘇軾等人。寧遠軍節度副使、惠州安置蘇軾，降級任職為瓊州別駕，移送昌化軍安置；賀州安置範祖禹，移送賓州；英州安置劉安世，移送高州。“某州安置”是宋朝的安置刑，宋時官吏被貶謫，輕者稱送某州居住，稍重者稱安置，更重者稱編管。宋朝的安置刑分為四種：追官勒停安置、分司安置、敘復安置、奪官安置。宋朝的安置刑相當於流放、貶謫、徙，安置是針對侍從以上的高階官員的處罰辦法，安置的官員不除名，而是責授司馬、參軍、別駕、節度團練副使等不釐務散官。別駕從事史，官名，亦稱別駕從事，簡稱“別駕”，宋朝的別駕，相當於州通判。這時的蘇軾已被朝廷處罰到今海南島海口市當官。蘇軾到任後，居住在官衙裡，有關部門認為不可以居住官衙，於是蘇軾在當地買地建築房屋，當地海南島居民幫助他建房屋。蘇軾與三兒子蘇過在海南島生活，著書寫作為自己的興趣愛好，準備這樣過一輩子。
宋哲宗去世後，宋徽宗趙佶即位，蘇軾移居廉州，改任舒州團練副使，徙永州居住。經歷過三次大赦，遂提舉玉局觀、復職為朝奉郎。蘇軾自從元祐起，從未因每年的考核官績優異而乞求朝廷給予晉升，最後的官職是正七品的朝奉郎就到頂了。
崇寧元年八月，朝廷下詔書：“司馬光、呂公著、王巖叟、朱光庭、呂大防、劉安世、劉摯、蘇軾、梁燾、李周、範純仁、範祖禹、汪衍、湯戫、李清臣、豐稷、鄒浩、張舜民的子弟，不得在京城當官。”崇寧二年四月，朝廷下詔書：“蘇洵、蘇軾、蘇轍、黃庭堅、張耒、晁補之、秦觀、馬涓《文集》，範祖禹《唐鑑》，範鎮《東齋記事》，劉攽《詩話》，僧文瑩《湘山野錄》等書籍印刷印板，全部燒燬。”建中靖國元年，蘇軾在常州去世，享年六十六歲。
蘇軾與弟弟蘇轍，以父親蘇洵為老師搞文學，他有文學天賦。蘇軾經常說：“寫文章如行雲流水一般，沒有一定的格式，該說的地方要說，該停的地方要停。”蘇軾嬉笑怒罵的言辭，都可以寫下來誦讀。其文體渾涵光芒，雄視百代，自從有文章以來，這種情況是少見的。蘇洵晚年讀《周易》，寫作《易傳》未完成，叫蘇軾完成他的遺願。蘇軾寫成《易傳》，復作《論語說》，後來流放在海南島居住，著作了《書傳》，他的作品有《東坡集》四十卷、《後集》三十卷、《奏議》十五卷、《內製》十卷、《外製》三卷、《和陶詩》四卷。當時的文人如黃庭堅、晁補之、秦觀、張耒、陳師道，還不被世人所知，蘇軾對朋友一樣對待他們，從來不曾以老師的地位自居。
自從蘇軾中舉為官後，以忠君為根本，忠心規勸君主，正直有大節，群臣沒有超過他的，因品德與才華被小人所忌恨，不能容他在朝廷之中，不能容他在皇帝身邊。宋高宗趙構即位後，追贈蘇軾為資政殿學士，委任他的孫子蘇符為禮部尚書。又把蘇軾的文章放在身邊，閱讀起來忘記了疲倦，說蘇軾的文章達到了最高境界，並且寫了集贊，賞賜給了他的曾孫蘇嶠。追崇蘇軾贈官太師，諡號為“文忠”。蘇軾有三個兒子，大兒子蘇邁，官至駕部員外郎；二兒子蘇迨，官至承務郎；三兒子蘇過，官至權通判中山府。清代文學家，官至刑部尚書的王士禎對蘇軾的評價：漢魏以來，二千餘年間，以詩名其家者眾矣。顧所號為仙才者，唯曹子建、李太白、蘇子瞻三人而已。清代名臣曾國藩對蘇軾的評價：古人稱立德、立功、立言為三不朽。立德最難，自周漢以後，罕見德傳者。立功如蕭、曹、房、杜、郭、李、韓、嶽，立言如馬、班、韓、歐、李、杜、蘇、黃，古今曾有幾人？
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